Le complexe lui-même possède des parties naturelles et architecturales importantes, qui ont leurs propres significations et histoires, notamment :
Les tours :
Elles sont appelées Muyuccmarca, Paucarmarca, Sallaqmarca et elles sont situées au sommet des bastions (murs en zigzag).A l’époque des Incas, c’étaient des tours disposées en ligne droite au sommet de la colline ; cet endroit avait beaucoup d’eau, aujourd’hui on peut encore voir une partie des aqueducs.
Muyucmarca vient de la langue quechua : « Muyuq » signifie rond, « Marca »= population. Sur ses bases redécouvertes on peutapprécier une figure circulaire qui comporte 3 cercles concentriques, tous insérés dans un carré aux côtés inégaux
Paucarmarca:le côté sud de Sayaqmarca, est recouvert de terre, pourrait éventuellement avoir une forme carrée, étymologiquement « Pauca « signifie : vivant, beau, gai, jardin et « Brand » population. On pense qu’elle a été dédiée aux étoiles
Sallaqmarca:Située à côté de Muyuccmarca, étymologiquement « Sallaq » signifie : rugueux, rocheux, « Marca » signifie : population.Actuellement, il n’y a que les fondations des tours, les bâtiments ont été détruits dans les premiers jours de la colonie,leurs fondations recouvertes de terre, et plus tard localisées et récupérées par le Dr. Luis E. Valcárcel.
Groupe d’enceintes:
On appelle « Bastions » les 3 plateformes qui forment une sorte de dent d’entrées et de saillies formées par des murs en blocs de calcaire, impressionnants polyèdres irréguliers assemblés à la perfection. Les premiers espagnols attribuaient la construction à des démons, aujourd’hui encore on dit que ce sont des extraterrestres qui ont fait ce travail. Ces défenses sont considérées comme une merveille dans le monde entier.
Les Bastions:
Ils appellent « Bastions » les 3 plateformes qui forment une sorte de dent d’entrées et de saillies formées par des murs faits de blocs de calcaire, impressionnants polyèdres irréguliers assemblés à la perfection. Les premiers espagnols attribuaient la construction à des démons, aujourd’hui encore on dit que ce sont des extraterrestres qui ont fait ce travail. Ces défenses sont considérées comme une merveille dans le monde entier.
Les portes :
Situées au centre des bastions, de forme trapézoïdale, elles servaient d’entrée à la zone des tours. Les trois portes auxquelles il est fait référence sont : T’iopunku, Ajawanapunku, Wiracochapunku.
Glissement ou Suchuna:
Géologiquement, c’est une formation naturelle de diorite, d’origine volcanique, qui a émergé en modulant sur sa surface des gauchissements et des rainures à la manière des glissements.
Le trône de l’Inca ou K’usillucJink’ian:
Ces mots peuvent être traduits par « là où le singe grimpe ». Il s’agit d’une succession de sièges sculptés dans la roche avec un profond sens esthétique ; il est situé dans la partie orientale de la colline.
Chincanas
Il y en a 2, le plus petit, avec Warmi K’acchana est de petite longueur et est devenu une distraction pour les visiteurs. La grande est plus au nord, sous un gros rocher calcaire. Le passage vers la grande Chicana n’est autorisé pour aucune raison, car ceux qui sont entrés ne sont pas revenus. Selon le géologue Dr Carlos Kalafatovich, ces tunnels, appelés Chincanas, sont le résultat de l’érosion des eaux souterraines qui circulaient dans les grottes. Cependant, des chroniqueurs comme Guaman Poman de Ayala, l’Inca Garcilaso de la Vega, entre autres, s’accordent à dire que la grande Chincana est un tunnel secret avec plusieurs connexions vers différentes parties de Tahuantinsuyo. L’histoire raconte qu’un groupe d’aventuriers s’est équipé et a pénétré dans cette Chincana ; on n’a rien su d’eux pendant des mois jusqu’au jour où l’un d’entre eux est apparu dans le temple de Santo Domingo, qui était autrefois Qorikancha, tenant dans sa main un épi de maïs en or massif. On dit que pendant les guerres, les Incas ne pouvaient pas cesser de vénérer leurs dieux ; pour cette raison, par ces accès souterrains, ils se rendaient au Qorikancha pour assister aux cérémonies et remettre les offrandes à leurs divinités.