Pour les termes, voir Morphologie des diptères
Vénation des ailes des phorons
Les mouches des phorons sont minuscules ou petites – 0,5-6 mm (1⁄64-1⁄4 in) de longueur. Lorsqu’on les regarde de côté, on voit une bosse prononcée sur le thorax. Leurs couleurs vont du généralement noir ou brun au plus rarement jaune, orange, gris pâle et blanc pâle. La tête est généralement arrondie et, chez certaines espèces, elle se rétrécit vers le vertex. Le vertex est plat. Chez certaines espèces, le calus ocellaire est gonflé et fortement relevé au-dessus de la surface du vertex. Les yeux sont dichoptiques chez les mâles et les femelles (les yeux des mâles sont rapprochés, ceux des femelles sont écartés). Le troisième segment de l’antenne est grand et arrondi ou allongé, et porte une longue arista apicale ou dorsale dirigée latéralement. L’arista est glabre ou emplumé. Chez certaines espèces, le troisième segment antennaire a une forme unique. Le dimorphisme sexuel se manifeste souvent dans la forme et la taille du troisième segment des antennes, et chez les mâles, les antennes sont généralement plus longues. Le proboscis est généralement court et parfois doté d’une labelle élargie. Le proboscis peut être allongé, fortement sclérotisé et plié en angle. Les palpes maxillaires varient en forme et sont parfois grands (espèces du genre Triphleba).les groupes de soies sont développés sur la tête. Deux paires de soies supra-antenna1, parfois une seule, sont complètement réduites. Au-dessus de celles-ci, les soies de l’antenne 1 sont plus proches (mais toujours à une certaine distance) du bord des yeux. Trois soies sont espacées le long de la marge des yeux – antéro-latérale, médio-latérale et postéro-latérale. Immédiatement avant le cal ocellaire se trouvent deux soies préocellaires. Le cal ocellaire porte une paire de soies ocellaires et, dans certains genres, entre les antennes et les soies préocellaires, on trouve deux soies supplémentaires intermédiaires.
Le mésonotum convexe est généralement couvert de poils et de rangées de soies. Un caractère taxonomique important est l’emplacement précis des spiracles antérieurs sur la plèvre du thorax. Le métapleuron peut être entier ou divisé par une suture en deux moitiés, et soit avec quelques longues soies glabres, soit pubescent. Les pattes ont des fémurs robustes et les fémurs postérieurs sont souvent comprimés latéralement.
Les ailes sont claires ou teintées seulement rarement de marques. Elles présentent une nervation alaire réduite caractéristique. Les nervures radiales (R), fortes et bien développées, se terminent dans la costa à peu près à mi-chemin de l’aile. Les autres nervures (branches du medius) sont plus faibles et suivent généralement un parcours diagonal et sont souvent parallèles entre elles. Les nervures transversales sont totalement absentes. La costa n’atteint que le point de confluence des bords de l’aile avec les veines R4+5 ou R5. Le rapport entre la première, la deuxième et la troisième section de la costa est souvent un caractère spécifique fiable. D’autres indices costaux (par rapport à d’autres mesures alaires) sont utilisés dans la taxonomie. Deux rangées de soies bien développées sont présentes sur la costa et presque à angle droit l’une par rapport à l’autre. La subcosta est réduite. Parmi les veines radiales, seules R1 et R4+5 sont développées. R4+5 peuvent être furcées à leur extrémité. R4 et R5 peuvent se fondre séparément dans le bord de l’alaire ou se poursuivre en une seule veine jusqu’à la fin. Les veines médianes sont représentées par M1, M2 et M4. La veine anale peut atteindre la marge alaire, ou est fortement raccourcie ou presque atrophiée.
L’abdomen est constitué de six segments visibles. Les segments VII à X comprennent les organes génitaux du mâle (hypopygium), et chez la femelle les terminaisons. Chez certains genres, les segments VII à X de la femelle sont fortement sclérotisés et se prolongent en un tube (« ovipositeur »).Les segments VII et VIII du mâle sont plus ou moins sclérotisés dans le genre Megaselia, mais sinon, ils sont surtout membraneux. Le tergite 9 (épandre) est très développé et généralement fusionné au moins d’un côté avec l’hypandre (sternite 9). Ce n’est que dans le genre Megaselia que l’hypandrium est plus ou moins distinctement séparé de l’épandrium. Les sclérites non appariés (ventrites) développés à l’extrémité distale de l’hypandrium varient en forme. Ils peuvent être plats, renflés ou autres. Les sclérites sont toujours présents près de la base des cerques, qui peuvent être très développés et transformés soit en un tube (tube anal) soit en une paire de grandes excroissances asymétriques (Phora). Le phallosome est rarement de structure complexe.
La larve est petite, rarement plus de 10,0 mm de long et comporte généralement 12 segments visibles. La forme varie de fusiforme avec des projections discrètes sur les segments postérieurs à courte, large et aplatie avec des projections plumeuses dorsales et latérales bien visibles surtout sur le segment terminal. La couleur est blanchâtre, blanc jaunâtre ou grise. Le premier stade est métapneustique, les stades ultérieurs sont amphipneustiques.
La nymphose a lieu dans la dernière peau larvaire qui durcit et devient rougeâtre. Le puparium est ovale, pointu aux extrémités (car les extrémités de la larve restent relativement inchangées). Le segment abdominal 2 possède une paire dorsale de cornes respiratoires pupales longues et minces.