Le terme de peinture flamande désigne les œuvres produites du XVe au XVIIe siècle dans la région qui coïncide approximativement avec la Belgique actuelle. Au 15e siècle, on a commencé à y produire des peintures qui ont captivé les amateurs d’art de toute l’Europe en raison du réalisme des détails et du lustre des surfaces, obtenus grâce à l’utilisation nouvelle de la peinture à l’huile. Étant donné qu’à partir de la fin du XVe siècle, l’Espagne et les anciens Pays-Bas étaient sous la domination conjointe de la dynastie des Habsbourg, les monarques espagnols étaient dans une position avantageuse pour collectionner les peintures de cette région. En conséquence, le Museo del Prado possède l’une des meilleures et des plus grandes collections de peinture flamande existantes, comptant près de 1 000 œuvres.
A noter, au sein de la collection de peinture du XVe siècle, La descente de croix de Rogier van der Weyden (vers 1399-1464), l’une des grandes œuvres canoniques de l’histoire de l’art européen. Sont également bien représentés au Prado Robert Campin (vers 1375-1444), Hans Memling (actif de 1465 à 1494) et, au début du XVIe siècle, Gérard David (vers 1460-1523) et Jan Gossaert (vers 1478-1532…).
Hieronmyous Bosch, connu en Espagne sous le nom d’El Bosco, est l’un des peintres qui fascinent le plus les visiteurs des musées modernes en raison du monde fantastique remarquable que l’on peut voir dans ses tableaux et du ton satirique qu’il emploie pour critiquer le comportement humain. Quelques décennies après la mort de l’artiste, Philippe II est devenu le principal collectionneur de ses œuvres, ce qui explique pourquoi le Museo del Prado possède la meilleure et la plus grande collection au monde.
Au cours des 16e et 17e siècles, Anvers est devenu l’un des principaux centres artistiques d’Europe. Emergent de son marché de l’art compétitif les premiers paysages connus, peints par Joachim Patinir (vers 1480-1524), et le Prado possède quatre de ses œuvres les plus importantes. Également actif au XVIe siècle, le grand Pieter Brueghel l’Ancien (1552/30-1569), créateur de l’exquis et macabre Triomphe de la mort mais aussi du Vin de la Saint-Martin, l’une des plus importantes acquisitions du musée au cours des dernières décennies.
La grande figure de la peinture flamande du XVIIe siècle est Rubens (1577-1640), qui devint l’artiste le plus célèbre d’Europe et fut également le peintre préféré de son grand mécène espagnol, Philippe IV. Rubens a produit une œuvre sensuelle et majestueuse inspirée par l’art de l’Antiquité. Le Museo del Prado possède la plus grande collection existante de ses œuvres, soit environ quatre-vingt-dix tableaux (selon l’acceptation ou le rejet d’une ou deux attributions). Les œuvres d’autres artistes flamands du XVIIe siècle, tels que Jan Brueghel l’Ancien (1568-1625), Jordaens (1593-1678) et Van Dyck (1599-1641), sont également extrêmement importantes pour le musée.
La collection de peinture de la Renaissance allemande du Prado est petite mais de grande qualité. Elle comprend quatre importants tableaux de Dürer (1471-1528), dont un autoportrait, et deux importantes scènes de chasse de Lucas Cranach l’Ancien (1472-1553).
Les fonds de peinture hollandaise du XVIIe siècle du musée sont également réduits, en raison de la guerre entre la monarchie espagnole et les provinces du nord des Pays-Bas à l’époque où les collections royales ont été principalement constituées. Néanmoins, le Prado possède un important tableau de Rembrandt, Judith au banquet d’Holopherne, et un groupe notable de paysages de Jan Both (1618/22-1652) et Herman van Swanevelt (1603/4-1655), deux artistes néerlandais qui ont travaillé à Rome.