Ces dernières années, de nombreuses personnes LGBT ont été assassinées, certains rejetant la responsabilité de ces actes sur les politiciens et sur la communauté religieuse.
Le corps démembré de Jorge Steven López Mercado, un étudiant de 19 ans, a été découvert le 14 novembre 2009 à Cayey, une ville située dans la région intérieure de l’île. López était largement connu comme bénévole pour des organisations de défense des droits des homosexuels et de prévention du VIH, et des militants ont organisé des veillées en sa mémoire dans des villes comme San Juan, Chicago et New York. Selon la police locale, une enquête est en cours pour déterminer s’il s’agit d’un crime de haine, conformément à la nouvelle loi fédérale américaine sur les crimes de haine, qui inclut les crimes contre les personnes homosexuelles ou transsexuelles (ou perçues comme telles). Juan A. Martinez Matos a été arrêté quelques jours après la découverte du corps de López Mercado. Le 12 mai 2010, Martinez Matos a plaidé coupable et a été condamné à 99 ans de prison pour le meurtre de López Mercado.
Le 19 avril 2010, le corps d’Ashley Santiago, une femme transgenre qui résidait dans la ville de Corozal a été découvert dans la cuisine de son domicile. Santiago, styliste dans un salon local, a été retrouvée nue sur le sol et a été poignardée 14 fois par un agresseur inconnu.
Le 13 septembre 2010, les corps de Justo Luis « Michelle » Gonzalez et Miguel Orlando « La Flaca » Soto, deux transsexuels ont été retrouvés assassinés le long d’une route dans la petite ville de Juana Diaz. Avec ces deux décès, les militants LGBT de l’île ont déclaré que neuf personnes homosexuelles et transsexuelles ont été tuées au cours des dix derniers mois sur l’île, et que les autorités locales n’ont pas réagi de manière adéquate à ces crimes. En octobre 2012, Malena Suarez, une femme transgenre vivant en Caroline, a été retrouvée morte à son domicile à la suite de multiples coups de couteau. Sa mort a marqué le 30e homicide anti-LGBT à Porto Rico en une décennie.