Le clip de Judith a été réalisé par David Fincher, le réalisateur de Fight Club, Se7en, et des clips d’Aerosmith, Madonna, et The Wallflowers. Le clip montre le groupe en train de jouer dans un grand studio vide, avec de nombreuses astuces cinématographiques propres à Fincher : éclairage sombre et fumeux, masquage des visages, grattage intensif du film et manipulation des images. Tous les membres sont montrés en train de jouer de leurs instruments dans la vidéo. À la fin du premier refrain et au début du deuxième couplet, dans lequel la basse est coupée pour laisser place à une section composée uniquement de batterie et de guitare, on voit la bassiste Paz Lenchantin mettre ses cheveux en chignon. Cependant, elle n’a pas pu le faire assez vite en temps réel pendant le tournage, et par conséquent la section a été légèrement accélérée pour l’action filmée afin de s’adapter à l’espace de la chanson. Dans une interview avec Sook-Yin Lee, une ancienne VJ de MuchMusic, Howerdel a révélé que le groupe voulait à l’origine que la vidéo ait une intrigue, mais qu’en raison de contraintes de temps, il n’a pas pu le faire.