En 1995, FACTNet a fait la une des journaux en raison d’un procès concernant la saisie des serveurs et des fichiers de FACTNet par le Religious Technology Center (RTC), une sous-organisation de l’Église de Scientologie créée pour superviser la protection de ses marques et de ses droits d’auteur. En août 1995, les avocats du RTC se sont adressés à un juge de Denver en alléguant une violation des droits d’auteur et une utilisation illégale de documents de Scientologie par FACTNet, un critique virulent des pratiques de l’organisation. Une descente au domicile de deux directeurs a été effectuée le 21 août 1995 par deux marshals américains et six représentants du RTC, la recherche effective des documents incriminés étant effectuée par le RTC seul. Les témoins de ces perquisitions ont déclaré que les marshals ont permis aux représentants du RTC d’aller bien au-delà de la portée de l’ordonnance dans leur recherche d’informations. Les marshals ont également omis de fouiller les représentants avant ou après la perquisition, ce qui leur a permis d’emporter des disques et d’autres documents contenant des informations essentielles. FACTNet a immédiatement accusé l’Église de Scientologie de tenter de faire taire sa voix en volant et en contaminant des informations vitales pour la poursuite de ses attaques et procès contre l’Église. Ces raids ont provoqué un débat sur Internet et dans le milieu universitaire, avec des manifestants universitaires à Denver, dans le Colorado, portant des pancartes sur lesquelles on pouvait lire : « Ne touchez pas à Internet » et « La Scientologie harcèle ses détracteurs », tandis que des contre-manifestants au palais de justice du comté de Boulder portaient des pancartes telles que : « Seuls les criminels répandent l’anarchie sur Internet ».
FACTNet a intenté un procès, et le 14 septembre 1995, un juge fédéral a jugé la saisie illégale parce qu’elle violait le droit de FACTNet à la liberté d’expression sur Internet, et a ordonné au RTC de restituer tous les ordinateurs et fichiers saisis. Dans son jugement rendu par la Cour de district des États-Unis, le juge John Kane a déclaré : « L’intérêt public est mieux servi par le libre échange des idées ». Néanmoins, FACTNet affirme avoir subi des dommages irréparables, le secret de ses documents ayant été violé par le RTC. Un avocat de l’Electronic Frontier Foundation a approuvé la décision du juge dans cette affaire, déclarant : « Ils n’ont certainement pas le droit de tout saisir et de pêcher partout. On semble penser que les choses qui sont contenues dans un ordinateur ne sont pas soumises aux mêmes protections. Je pense que la loi est en train de rattraper son retard ». Helena K. Kobrin, avocate de l’Église de Scientologie au sein du cabinet Moxon & Kobrin, a défendu les saisies d’ordinateurs, déclarant après la décision du juge : « La décision d’hier est un jour très triste pour les propriétaires de propriété intellectuelle et un jour très triste pour l’Internet. »
Dans une série d’affaires, la Scientologie (par le biais de sa filiale Bridge Publications) a poursuivi FACTNet pour de prétendues violations de droits d’auteur. En 1998, le juge fédéral John Kane a rejeté la demande de jugement sommaire de la Scientologie, car FACTNet contestait la propriété de la Scientologie sur les droits d’auteur des documents. Un accord a ensuite été conclu en 1999, dont les termes étaient que si FACTNet est un jour reconnu coupable de violations des droits d’auteur de l’église, ils sont enjoints de manière permanente à payer 1 million de dollars à l’église.
FACTNet a maintenu un profil de nouvelles relativement faible depuis 1999, occasionnellement cité pour s’être exprimé contre des sujets qu’ils considèrent comme importants. Le film Battlefield Earth de 2000 avec John Travolta a suscité la controverse parce qu’il était basé sur un livre de L. R. Hubbard, le fondateur de l’Église de Scientologie, et que Travolta était un scientologue bien connu. Le Guardian a rapporté les affirmations de FACTnet selon lesquelles le film était une œuvre de prosélytisme pour la Scientologie, notant : « FACTnet a suggéré que des messages subliminaux avaient été astucieusement insérés par les scientologues pour inciter de nouveaux convertis à rejoindre l’église ». Les réalisateurs du film ont affirmé qu’il n’avait rien à voir avec l’Église de Scientologie, mais le New York Times a rapporté les affirmations de FACTnet selon lesquelles : « …le film a été secrètement financé par la Scientologie, et que la Scientologie prévoit des efforts de recrutement pour coïncider avec la sortie du film ». Le professeur de sociologie James Richardson n’était pas d’accord avec les affirmations de FACTnet, déclarant : « Je doute sérieusement que quelqu’un aille rejoindre la Scientologie juste parce qu’il a vu ce film ». En 2002, après que Lawrence Wollersheim a remporté un jugement de 8,7 millions de dollars US contre l’Église de Scientologie, FACTnet a publié une déclaration de sa part sur le site, citant : « La secte qui avait juré de ne jamais me payer un seul centime a maintenant payé plus de 86 millions de centimes ». FACTNet s’est prononcé en faveur d’un épisode de la série télévisée South Park, en décernant à son personnel le titre de « Personne(s) FACTNet de l’année 2005 » pour l’épisode satirique sur la Scientologie, « Trapped in the Closet ». En 2006, Wollersheim, directeur de FACTnet, a été consulté pour le reportage de 48 Hours sur la mort de la scientologue Elli Perkins, « Scientology – A Question of Faith ». Wollersheim a été cité dans le reportage, déclarant : « La Scientologie. Elle est le pire exemple de contrôle mental dans un cadre religieux qui ait jamais existé ». Le programme a également noté que l’Église de Scientologie le caractérise comme un « menteur et un fraudeur », et affirme que la plupart de ses membres vivent une vie heureuse et épanouie.