Découverte de virus par la métagénomique : les (im)possibilités

Au cours des cent dernières années, la découverte de nouveaux virus a été un processus graduel. Les virus étaient décrits un par un à l’aide d’une série de techniques telles que la microscopie électronique et la culture virale. Les chercheurs s’intéressaient généralement à un état pathologique au sein d’un organisme, et les expéditions en écologie virale étaient rares. L’avènement de la métagénomique, qui utilise le séquençage à haut débit, a révolutionné non seulement le rythme des découvertes de virus, mais aussi la nature de ces découvertes. Par exemple, beaucoup plus de maladies peuvent maintenant être attribuées à des agents viraux, les commensaux viraux non pathogènes sont omniprésents, et la description des viromes environnementaux progresse. Dans ce sujet de recherche Frontiers in Virology sur la découverte de virus par la métagénomique, nous discuterons de la façon dont les approches métagénomiques et bioinformatiques ont été utilisées pour découvrir, classer et caractériser de nouveaux virus. Il faut faire face à des questions difficiles et mettre en place des contrôles. Comme dans la ruée vers l’or californienne, les grandes découvertes en métagénomique virale ne peuvent être faites qu’en reconnaissant et en abordant les pièges les plus importants.
Quelles approches expérimentales et quels pipelines d’analyse existent pour la métagénomique virale ? Quand pouvons-nous être satisfaits d’avoir identifié un nouveau génome viral ? Les règles actuelles de ce qui est accepté comme un génome viral sont-elles dépassées ? Dans quelle mesure la recombinaison génomique virale menace-t-elle un assemblage fiable ? Comment pouvons-nous annoter ou comprendre les fonctions des nouveaux gènes viraux ? Comment déterminer le rôle d’un virus nouvellement découvert dans les processus d’ordre supérieur ? Comment l’approche métagénomique peut-elle être mise en œuvre dans un contexte clinique ? Qu’est-ce que la composition d’une communauté virale associée à un hôte nous apprend sur l’état de santé de cet hôte ? Quelle est la stabilité de la composition de la communauté virale dans le temps et l’espace ? Et bien sûr : quelles perles de l’univers viral avons-nous déjà découvertes en utilisant la métagénomique ?
Pour ce thème de recherche, nous sollicitons des articles de recherche originaux provenant à la fois de groupes expérimentaux et bioinformatiques. En outre, nous réserverons également un certain espace pour les revues et les perspectives qui abordent les questions énumérées ci-dessus ou d’autres sujets chauds des frontières du domaine de la découverte de virus par la métagénomique.

Note importante : Toutes les contributions à ce sujet de recherche doivent s’inscrire dans le cadre de la section et de la revue auxquelles elles sont soumises, telles que définies dans leurs énoncés de mission. Frontiers se réserve le droit d’orienter un manuscrit hors champ vers une section ou une revue plus appropriée à tout stade de l’évaluation par les pairs.