L’ammonification est le processus par lequel l’azote lié organiquement de la biomasse microbienne, végétale et animale est recyclé après leur mort. L’ammonification est réalisée par un ensemble diversifié de micro-organismes qui assurent des services de décomposition écologique, et son produit est l’ammoniac ou l’ion ammonium. L’ammonium est une source de nutrition appropriée pour de nombreuses espèces de plantes, notamment celles qui vivent dans des sols acides. Cependant, la plupart des plantes ne peuvent pas utiliser efficacement l’ammonium, et elles ont besoin de nitrate comme source essentielle de nutrition azotée.
Le nitrate est synthétisé à partir de l’ammonium par un important processus bactérien connu sous le nom de nitrification. La première étape de la nitrification est l’oxydation de l’ammonium en nitrite (NO- 2 ), une fonction assurée par des bactéries du genre Nitrosomonas. Une fois formé, le nitrite est rapidement oxydé en nitrate par des bactéries du genre Nitrobacter. Les bactéries responsables de la nitrification sont très sensibles à l’acidité, de sorte que ce processus ne se produit pas à des taux significatifs dans les sols ou les eaux acides. C’est la raison pour laquelle les plantes des habitats acides doivent être capables d’utiliser l’ammonium comme source de nutrition azotée.