1 Introduction
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus et Opisthorchis viverrini (phylum Platyhelminthes ; classe Trematoda ; famille Opisthorchiidae) sont d’importantes douves du foie d’origine alimentaire qui infectent ~ 24 millions de personnes dans le monde et causent un fardeau mondial de plus de 349 737 années de vie ajustées sur l’incapacité (Furst et al., 2012). En tant que douve du foie très répandue, C. sinensis infecte au moins 15 millions de personnes principalement en Chine, au Vietnam, en Corée et dans l’Extrême-Orient russe (Furst et al., 2012 ; Qian et al., 2016).
L’infection à C. sinensis provoque la clonorchiasis, qui est une maladie tropicale négligée (Qian et al., 2016). L’infection par C. sinensis entraîne souvent des maladies hépatobiliaires chroniques, telles que la fibrose hépatique, et peut induire un cholangiocarcinome (CCA), un cancer malin du système biliaire. Par conséquent, C. sinensis a été classé comme cancérogène de classe I par le Centre international de recherche sur le cancer (Choi et al., 2004, 2011 ; Grosse et al., 2009).
À ce jour, aucun vaccin n’est disponible pour prévenir la clonorchiasis, et les humains n’ont aucune résistance à la réinfection (Qian et al., 2016). L’utilisation répétée du seul médicament recommandé, le praziquantel (PZQ), augmente le risque que la douve développe une résistance aux médicaments (OMS, 2013). Pour mieux contrôler la clonorchiase, des recherches ont été menées sur la biologie et l’épidémiologie du parasite, et se sont concentrées sur le diagnostic et le traitement. Une compréhension approfondie de la biologie moléculaire de C. sinensis est désormais possible, étayée par l’utilisation de nouvelles ressources transcriptomiques et génomiques produites à l’aide de technologies de séquençage à haut débit (Huang et al., 2013 ; Wang et al., 2011 ; Yoo et al., 2011 ; Young et al., 2010). Le génome de C. sinensis de Chine fournit une base pour explorer les voies et processus moléculaires de cette douve du foie. Par exemple, le génome de C. sinensis code un complément complet de gènes requis pour métaboliser les lipides de l’hôte mais ne contient pas de gènes liés à la biosynthèse canonique des acides gras (Huang et al., 2013 ; Wang et al., 2011). En outre, ce génome code pour un grand nombre de protéines excrétrices-sécrétoires (ESP), dont beaucoup sont supposées être impliquées dans les interactions hôte-parasite. Cependant, il n’existe pas d’informations détaillées sur les fonctions des gènes/produits génétiques biologiquement pertinents ou les niveaux de variation génétique entre les différents isolats géographiques de C. sinensis.
On a supposé qu’un seul génome nucléaire de C. sinensis est suffisant pour représenter tous les isolats géographiquement distincts de cette espèce (Huang et al., 2013 ; Wang et al., 2011). Cependant, la preuve de la variation caryotypique au sein de C. sinensis et des espèces cryptiques au sein de la douve opisthorchiide apparentée, O. viverrini (cf. Petney et al., 2013), souligne l’importance d’étudier et de comparer la génétique des isolats géographiquement distincts de C. sinensis. Des études antérieures de loci génétiques sélectionnés suggèrent que la variation de ce parasite a été influencée par de multiples facteurs, tels que le cycle de vie, les changements climatiques et l’adaptation environnementale (Chelomina et al., 2014 ; Tatonova et al., 2012, 2013). Par exemple, il semble que la faible variation nucléotidique et la forte variation haplotypique du gène mitochondrial cox1 chez C. sinensis soient liées à une expansion rapide de la population après la période glaciaire (Chelomina et al., 2014 ; Tatonova et al., 2012). Cependant, une telle conclusion nécessite des enquêtes approfondies en génétique des populations.
Il est maintenant possible d’entreprendre de telles enquêtes au niveau du génome entier en utilisant des technologies de séquençage à haut débit et une bioinformatique avancée. De telles recherches permettraient d’explorer les structures et sous-structures génétiques des populations de C. sinensis, ainsi que la variation des gènes/produits géniques qui sont impliqués dans les processus d’infection et/ou d’adaptation. L’objectif de ce chapitre est de fournir un contexte sur la biologie, l’épidémiologie, la pathogenèse, le diagnostic et le contrôle de C. sinensis/clonorchiasis ; de faire un examen critique des connaissances actuelles sur la génétique, la biologie moléculaire et la génomique de C. sinensis ; et de mettre en évidence les nouvelles technologies de séquençage ainsi que les outils et ressources génomiques qui peuvent maintenant être employés pour les futures études génétiques de cet important parasite.