Real Madrid
Morata a signé au Real Madrid en 2008 en provenance du voisin Getafe, après avoir débuté à l’Atlético Madrid, et est apparu au Real Madrid C alors qu’il était encore junior. En juillet 2010, après une saison réussie avec l’équipe Juvenil A, où il a remporté deux titres de jeunes et marqué 34 buts, il a été promu au Real Madrid Castilla, l’équipe réserve du Real. Plus tard dans le mois, le manager de l’équipe première José Mourinho a emmené Morata et quatre de ses coéquipiers pour une tournée de pré-saison aux États-Unis.
Le 15 août 2010, Morata fait ses débuts avec Castilla lors d’un match amical contre Alcorcón, marquant le seul but du match. Ses débuts en Segunda División B ont eu lieu le 29 août lors d’une victoire 3-2 contre Coruxo, et il a marqué son premier but en compétition lors d’un match nul 1-1 contre Alcalá le 31 octobre.
Le 12 décembre 2010, Morata a fait ses débuts en équipe première lorsqu’il est entré en remplacement d’Ángel Di María à la 88e minute d’une victoire 3-1 en Liga contre le Real Zaragoza. Dix jours plus tard, il a fait sa première apparition en Copa del Rey, en sortant du banc dans les dernières minutes. En janvier 2011, après la blessure de Gonzalo Higuaín, les médias espagnols s’attendaient à ce que Morata soit son remplaçant dans l’équipe principale. Mourinho a cependant rejeté cette idée en déclarant que « Morata n’est pas encore prêt à être titulaire à Madrid. Il s’entraîne avec nous, mais il doit continuer à apprendre avec la Castilla ». Durant cette période, Morata marque cinq buts en quatre matchs avec la réserve, tandis qu’Emmanuel Adebayor est signé pour remplacer Higuaín dans l’équipe première.
Le 13 février 2011, Morata inscrit le premier triplé de sa carrière, lors d’une victoire 7-1 contre le Deportivo Fabril. Il termine sa première saison en tant que senior avec 14 buts en championnat – meilleur buteur de l’équipe à égalité avec Joselu – mais la Castilla ne parvient pas à être promue lors des barrages.
Morata a marqué son premier but en compétition avec l’équipe première du Real le 11 novembre 2012, entrant à la 83e minute et marquant le but de la victoire après seulement 60 secondes dans une victoire 2-1 à l’extérieur contre Levante. Lors de sa première titularisation officielle, à domicile contre le Rayo Vallecano le 17 février de l’année suivante, il marque l’ouverture du score après seulement trois minutes, mais est remplacé avant la demi-heure de jeu pour laisser la place à Raúl Albiol, après l’expulsion de Sergio Ramos lors de la victoire 2-0 à domicile.
Le 2 mars 2013, Morata joue les 90 minutes complètes d’El Clásico contre Barcelone, aidant Karim Benzema à marquer l’ouverture du score lors d’une éventuelle victoire 2-1 à domicile. Au cours de la saison suivante, il devient un membre régulier de l’équipe première sous la direction du nouvel entraîneur Carlo Ancelotti, mais exprime le désir d’avoir plus de minutes pendant la fenêtre de transfert de janvier.
Le 18 mars 2014, Morata marque son premier but en Ligue des champions de l’UEFA, le troisième but d’une victoire 3-1 contre Schalke 04 au Santiago Bernabéu en huitième de finale. Le 17 mai, lors du dernier match de la campagne de championnat, il inscrit deux buts en fin de match contre l’Espanyol pour permettre au Real de s’imposer 3-1 à domicile et de terminer avec huit buts dans la compétition. Il participe également à la victoire du club en finale de la Ligue des champions de l’UEFA contre l’Atlético Madrid, en jouant les dix dernières minutes du temps réglementaire et des prolongations après avoir remplacé Benzema.
Juventus
Le 19 juillet 2014, la Juventus a annoncé avoir trouvé un accord pour un montant de 20 millions d’euros pour le transfert de Morata, qui a signé un contrat de cinq ans, le Real Madrid ayant la possibilité de le racheter dans le futur. Il fait ses débuts en Serie A le 13 septembre, en remplaçant Fernando Llorente pour la dernière minute d’une victoire à domicile 2-0 contre l’Udinese ; deux semaines plus tard, il entre à nouveau en jeu à la place de son compatriote et marque de la tête son premier but pour son nouveau club, qui s’impose 3-0 à l’Atalanta.
Le 5 octobre 2014, lors d’une victoire à domicile 3-2 contre la Roma, Morata entre en jeu et est expulsé pour une faute sur Kostas Manolas, qui est exclu pour avoir riposté. Le 9 novembre, il a inscrit un doublé lors de la victoire 7-0 de Parme à domicile, tandis que Llorente, qu’il a remplacé à la 71e minute, a ajouté deux autres buts. Morata entre en jeu pour les dix dernières minutes de la Supercoppa Italiana contre Naples à Doha, au Qatar, le 22 décembre, et marque lors de la séance de tirs au but que la Juventus perd 5-6.
Le 28 janvier 2015, Morata joue les 13 dernières minutes de la rencontre de Coppa Italia contre Parme, et marque l’unique but du match au stade Ennio Tardini pour se qualifier pour les demi-finales. Le mois suivant, à domicile contre le Borussia Dortmund en huitième de finale de la Ligue des champions de l’UEFA, il marque le but de la victoire à la 43e minute du match aller ; il est également titulaire et trouve le chemin des filets lors du match retour, aidant la Juve à s’imposer 3-0 au Westfalenstadion.
Le 7 avril 2015, Morata est expulsé pour une faute sur Alessandro Diamanti lors de la victoire de la Juventus sur la Fiorentina en demi-finale de la coupe, manquant ainsi la finale. Une semaine plus tard, il obtient un penalty lors du quart de finale aller de la Ligue des champions contre Monaco, qui est transformé par Arturo Vidal lors de la victoire 1-0 à domicile. Lors du match aller de la demi-finale, contre le Real Madrid, il donne l’avantage aux locaux en marquant à la huitième minute, le match se terminant par une victoire 2-1 à domicile, et il répète l’exploit lors du match retour, les deux fois sans célébrer le fait d’avoir marqué contre son ancien club. Le 6 juin, lors de la finale contre Barcelone à Berlin, il a marqué le but égalisateur en début de seconde période d’une défaite 1-3.
Au début du mois d’août 2015, Morata a été écarté pour un mois en raison d’une déchirure du muscle soléaire dans son mollet gauche pendant un entraînement, et a été mis sur la touche pour la Supercoppa Italiana 2015. Lors de sa deuxième apparition après son retour à la compétition, le 15 septembre, il a joué pendant 85 minutes et a marqué le but de la victoire 2-1 à Manchester City en phase de groupes de la Ligue des champions de l’UEFA. Le 30 septembre, il a marqué pour aider à battre Séville 2-0 au Juventus Stadium, son cinquième but en autant d’apparitions dans la compétition pour égaler le record d’Alessandro Del Piero. Le 24 novembre, il est nommé dans l’équipe de l’année de l’UEFA.
Le 10 décembre 2015, Morata signe une prolongation de contrat jusqu’en 2020. Le 20 mars 2016, lors du Derby della Mole en déplacement chez le voisin Torino, il sort du banc en première mi-temps et inscrit un doublé lors de la victoire 4-1. Le 21 mai, il sort à nouveau du banc pour marquer le but de la victoire à la 20e minute de la prolongation pour remporter la finale de la Coppa Italia 1-0 contre l’A.C. Milan au Stadio Olimpico de Rome.
Retour au Real Madrid
Le 21 juin 2016, le Real Madrid exerce sa clause de rachat pour re-signer Morata de la Juventus pour 30 millions d’euros. Sa première apparition en compétition a eu lieu le 9 août, puisqu’il a débuté lors d’une victoire 3-2 contre ses compatriotes espagnols de Séville en Supercoupe de l’UEFA 2016, étant remplacé par Benzema après 62 minutes. Son premier but a été inscrit lors d’une victoire à domicile 2-1 contre le Celta le 27 août.
Le 5 avril 2017, Morata a profité des rotations du manager Zinedine Zidane et a marqué trois fois lors d’une victoire 4-2 à l’extérieur contre Leganés, permettant à son équipe de conserver deux points d’avance sur Barcelone avec un match en main. Bien qu’il ait passé la majeure partie de la saison en tant que remplaçant de Benzema, il a marqué 15 buts en championnat, permettant au club d’être sacré champion pour la première fois en cinq ans. Il ajoute trois buts en neuf apparitions en Ligue des champions de l’UEFA, que le Real Madrid remporte pour la deuxième année consécutive.
Chelsea
Saison 2017-18
Le 19 juillet 2017, Chelsea a annoncé qu’il avait trouvé un accord avec le Real Madrid pour le transfert de Morata, pour une somme record pour le club d’environ 60 millions de livres sterling. Le 21 juillet, il passe avec succès sa visite médicale et devient officiellement un joueur de Chelsea.
Morata fait ses débuts en compétition lors du match du FA Community Shield 2017 contre Arsenal, entrant en tant que remplaçant à la 74e minute alors que son équipe s’incline aux tirs au but après avoir fait match nul 1-1 dans le temps normal, Morata manquant la séance de tirs au but. Le 12 août 2017, il marque et fournit une passe décisive à David Luiz pour sa première apparition en Premier League, une défaite 2-3 à domicile contre Burnley – son but est une tête à la 69e minute du match pour réduire le déficit à 3-1. Le 23 septembre, il inscrit son premier triplé pour Chelsea lors d’une victoire 4-0 à l’extérieur contre Stoke City ; il devient ainsi le 17e joueur de Chelsea à réaliser un triplé en Premier League.
Le 5 novembre 2017, Morata marque lors de la défaite 1-0 à domicile de Manchester United, entraîné par son ancien patron Mourinho. Il porte son total de buts en championnat à dix le 26 décembre, en aidant Chelsea à s’imposer 2-0 contre Brighton &Hove Albion, également à Stamford Bridge.
Le 17 janvier 2018, Morata est expulsé après avoir écopé d’un carton jaune pour plongeon, puis d’un autre quelques secondes plus tard pour dissidence, lors d’une victoire au troisième tour de la FA Cup contre Norwich City. Il termine sa première année avec 15 buts toutes compétitions confondues, et les Blues terminent à la cinquième place du classement du championnat.
Saison 2018-19
Morata ouvre son compte pour la campagne suivante le 18 août 2018, en marquant le deuxième but d’une victoire à domicile 3-2 contre Arsenal. Le 4 octobre, il a marqué le but de la victoire 1-0 contre MOL Vidi lors de la phase de groupes de l’UEFA Europa League. Un mois plus tard, il a marqué deux fois pour aider à battre Crystal Palace 3-1 dans un match de championnat à domicile.
Atlético Madrid
Saison 2018-19
Le 27 janvier 2019, Morata est retourné à l’Atlético Madrid après 12 ans, rejoignant le club pour un prêt de 18 mois. Il fait ses débuts en championnat le 3 février, lors d’une défaite 0-1 en déplacement contre le Real Betis. Il a marqué son premier but le 24 février, lors d’une victoire à domicile 2-0 contre Villarreal.
Le 6 juillet 2019, l’Atlético Madrid a confirmé la signature permanente de Morata en provenance de Chelsea et il rejoindrait officiellement le club le 1er juillet 2020, pour un montant d’environ 58 millions de livres sterling.
Saison 2019-20
Le 18 août 2019, Morata a marqué l’unique but de la victoire de l’Atlético Madrid en ouverture de la Liga contre Getafe. Le 1er octobre 2019, Morata marque son 300e match professionnel avec une passe décisive pour l’ouverture du score lors d’une victoire 2-0 en déplacement contre le club russe du Lokomotiv Moscou. Le 22 octobre, il marque son premier but en Ligue des champions pour l’Atlético en reprenant de la tête un centre de Renan Lodi pour l’unique but du match lors d’une victoire 1-0 à domicile contre le club allemand du Bayer Leverkusen. Il est également devenu le premier joueur à marquer pour le Real Madrid et l’Atlético en Ligue des champions. Le 11 mars 2020, lors du huitième de finale retour de la Ligue des champions à l’extérieur contre le champion en titre Liverpool, Morata entre en jeu en fin de prolongation et marque le dernier but du match lors de la victoire 3-2 à l’extérieur, remportant ainsi le match 4-2 sur l’ensemble des deux matchs, assurant la qualification de son équipe pour les quarts de finale de la compétition.
Retour à la Juventus
Saison 2020-21
Morata revient à la Juventus le 22 septembre 2020, sous la forme d’un prêt d’un an d’une valeur de 10 millions d’euros, avec une option d’achat à 45 millions d’euros. La Juventus se réserve également le droit de prolonger le prêt d’une année supplémentaire pour 10 millions d’euros supplémentaires ; dans ce cas, l’option d’achat vaut 35 millions d’euros. Il a fait sa première apparition avec le club depuis son retour le 27 septembre, lors d’un match nul 2-2 à l’extérieur contre la Roma en Serie A. Il a marqué son premier but avec le club depuis son retour le 17 octobre, lors d’un match nul 1-1 à l’extérieur contre Crotone. Morata a inscrit un doublé le 20 octobre, pour aider la Juventus à s’imposer 2-0 en phase de groupes de l’UEFA Champions League contre le Dynamo Kyiv à l’extérieur. Le 28 octobre, il s’est vu refuser trois buts pour hors-jeu contre Barcelone lors d’un match de phase de groupe de la Ligue des champions, que la Juventus a perdu 2-0 à domicile.