Ammonifikaatio on prosessi, jossa mikrobien, kasvien ja eläinten biomassan orgaanisesti sitoutunut typpi kierrätetään niiden kuoleman jälkeen. Ammonifikaatiota suorittavat monenlaiset mikro-organismit, jotka suorittavat ekologisia hajotuspalveluja, ja sen tuotteena on ammoniakki tai ammoniumioni. Ammonium on sopiva ravinnonlähde monille kasvilajeille, erityisesti niille, jotka elävät happamissa maaperissä. Useimmat kasvit eivät kuitenkaan pysty hyödyntämään ammoniumia tehokkaasti, ja ne tarvitsevat nitraattia välttämättömänä typpiravinteen lähteenä.
Nitraattia syntetisoidaan ammoniumista tärkeässä bakteeriprosessissa, jota kutsutaan nitrifikaatioksi. Nitrifikaation ensimmäinen vaihe on ammoniumin hapettuminen nitriitiksi (NO- 2 ), mistä huolehtivat Nitrosomonas-suvun bakteerit. Kun nitriitti on muodostunut, Nitrobacter-suvun bakteerit hapettavat sen nopeasti edelleen nitraatiksi. Nitrifikaatiosta vastaavat bakteerit ovat hyvin herkkiä happamuudelle, joten tätä prosessia ei tapahdu merkittävästi happamassa maaperässä tai vedessä. Tästä syystä happamien kasvupaikkojen kasvien on pystyttävä hyödyntämään ammoniumia typpiravinteen lähteenä.