Pohnpein siirtomaata edeltävä historia jaetaan kolmeen vaiheeseen: Mwehin Kawa tai Mwehin Aramas (n. 1100); Mwehin Sau Deleur (n. 11001 – n. 1628); ja Mwehin Nahnmwarki (n. 1628 – n. 1885).
Pohnpeissa on mielenkiintoisia mikronesialaisen sivilisaation raunioita, erityisesti Nan Madolin rauniot.
Espanjalainen kolonisaatioMuutos
Karoliiniset saaret, joihin Pohnpein saari nykyisin kuuluu, löysi espanjalainen löytöretkeilijä Toribio Alonso de Salazar 22. elokuuta 1526. Tammikuun 1. päivänä 1528 löytäjä Alonso de Saavedra otti Uluti-saaret haltuunsa Espanjan kuninkaan nimissä. Saaristossa vierailtiin vuonna 1542, Matelotes-saarilla vuosina 1543 ja 1545 sekä Legazpilla vuonna 1565.
Ponapén ensimmäinen eurooppalainen vierailija oli Pedro Fernández de Quirós espanjalaisen San Geronimo -aluksen komentajana. Hän havaitsi saaren 23. joulukuuta 1595; hänen kuvauksensa saaresta on lyhyt, eikä hän koskaan rantautunut sinne. Toisen tunnetun eurooppalaisen vierailun teki vasta paljon myöhemmin australialainen John Henry Rowe, jonka John Bull -alus saapui saarelle 10. syyskuuta 1825 ja joutui alkuasukkaiden hyökkäyksen kohteeksi. Pohnpei ja Senyavinin saaret sisällytettiin lopullisesti eurooppalaisiin merikarttoihin sen jälkeen, kun venäläinen merenkulkija Fjodor Litke havaitsi ne vuonna 1828, yli kaksi vuosisataa muiden Karoliinisaarten jälkeen. Tältä saarelta löytyi myös Karoliinien tärkein hallintopaikka. Espanjalaiset antoivat saarelle nimen Ponapé ja perustivat sinne Santiago de la Ascensiónin kaupungin, josta tuli heidän ensimmäinen pääkaupunkinsa. Koska se oli espanjalaisen siirtokunnan (joka koostui virkamiehistä, sotilaista, lähetyssaarnaajista ja filippiiniläisistä työläisistä) kotipaikka, se tuli tunnetuksi yksinkertaisesti nimellä Colonia tai Kolonia, nykyisen pääkaupungin Palikirin vieressä.
Vuonna 1885 Filippiineillä, jotka olivat tuolloin Espanjan siirtomaa, järjestettiin Espanjan hallituksen käskystä uusi retkikunta, jonka tehtävänä oli edetä Karoliinien saariston lopulliseen miehittämiseen Espanjan suvereniteettiin. Saariston itäosassa sijaitseva Ponapén saari, joka ulottui 2 000 000 neliökilometrin laajuiselle valtamerialueelle, valittiin hallituksen toimipaikaksi kolmoistuen Manila-Guaján-Ponapé avulla, mikä mahdollisti myös tehokkaan vartioinnin tuolla laajalla lainkäyttövaltaan kuuluvalla vesialueella.
Komentaja Posadillo nimitettiin retkikunnan johtajaksi, ja hän saapui saarelle vuoden 1885 lopulla. Saarelle asennettiin niukka varuskunta- ja hallintokalusto. Yritys ei ollut taloudellisesti kannattava johtuen ”vientituotteiden vähäisestä valikoimasta, etäisyydestä markkinoihin, siitä, että se saattoi vallata vain pienen määrän neliökilometrejä ja kasvavan joukko-osastojen määrän ylläpitokustannuksista”, vaan pikemminkin arvovaltavaatimuksista. Tästä syystä, kun vuonna 1887 tapahtui alkuperäisväestön kapina, jossa koko espanjalaissiirtokunta murhattiin, uusi retkikunta määrättiin välittömästi lähtemään.
Esimielisten seuraavan espanjalaisretkikunnan joukot muodostivat komentaja Diaz Varelan komennossa. Toinen laivaston päällikkö, Don Luis Cadarso y Rey, liittyi retkikuntaan saariston kuvernöörinä. Hän kuoli yksitoista vuotta myöhemmin Cavitessa noustessaan amerikkalaisen laivaston lippulaivan Olímpian kyytiin. Ponapé saavutettiin kahdentoista päivän tuskallisen matkan jälkeen, ja se, mitä alkuasukkaat olivat tuhonneet, rakennettiin uudelleen ja lukittiin linnoitukseen. Kun he näkivät tärkeän sotilaallisen läsnäolon saarella, he hyväksyivät espanjalaisen vallan, jota neuvoi heidän keskuudessaan asunut eurooppalainen nimeltä Deoane, joka saattoi olla edellisen kapinan yllyttäjä.
Kun espanjalaisten ylivalta saarella kesti, rauhallisia kausia ja kahakoita käytiin tällä alueella, jonka monimutkainen morfologia vaikeutti operaatioita. Kapinoihin liittyi usein alkuperäiskansoja viereisiltä saarilta, joita ei voitu tehokkaasti valvoa. Näiden yhteenottojen seurauksena espanjalaisten tappiot olivat noina vuosina suhteellisesti suuria: esimerkiksi yhdessä yhteenotossa kuoli kolmekymmentä ja haavoittui viisikymmentä ihmistä. Usein oli välttämätöntä käyttää ehdotonta voimaa. ”Espanjalaisena muurina” tunnetun Alfonso XIII:n linnakkeen jäännökset ovat peräisin siirtomaa-ajalta.
Saksan ja Japanin hallintoEdit
Vuonna 1898 käydyn espanjalais-amerikkalaisen sodan jälkeen Saksa osti saaren Espanjalta; Saksan suvereniteetin alaisuudessa siirtokunta sai virallisesti nimen Kolonia. Ensimmäisen maailmansodan aikana Japani miehitti Ponapén, minkä jälkeen Kansainliitto julisti, että Karoliinisaaret siirtyvät Saksan tappiosta aiheutuneena sotavelkana Japanin hallinnolle yhdessä Marshallinsaarten ja Maariansaarten kanssa (paitsi Guam, Yhdysvaltain alue). Japanin suvereniteetti kesti vuodesta 1914 vuoteen 1945.
Yhdysvaltojen territorioEdit
Pohnpei sisälsi alun perin Tyynenmeren saarten Trust Territory of the Pacific Islandsin piirikunnan Kosraen, joka oli piirikunnan kunta. Toisen maailmansodan aikana saari ohitettiin amerikkalaisten amfibio-operaatioissa vuosina 1943-1945. Sotilaallisia laitoksia pommitettiin useaan otteeseen, mukaan lukien USS Massachusettsin (BB-59) ja USS Iowan (BB-61) taistelualusten pommitukset sekä Cowpensin ilmaisku (CVL-25). Sodan päätyttyä Carolinasta tuli osa Tyynenmeren saarten Trust Territorya.
Mikronesian liittovaltio itsenäistyi täysin vuonna 1990. Siitä lähtien Pohnpei on ollut Yhdysvaltain epäsuorassa valvonnassa oleva suojeltu trooppinen satama.