Pashupatinathin temppelikompleksi on osa Unescon maailmanperintökohteita. Temppelin iästä ei ole tarkkaa varmuutta, mutta legendojen mukaan sen olemassaolo ajoittuu vuoteen 400 eaa.
Kompleksiin kuuluu 518 temppeliä, rakennusta ja rakennelmaa. Päätemppeli on suunniteltu pagodirakennelmaksi, joka sijaitsee linnoitetulla sisäpihalla, ja sitä vartioivat nepalilaiset asevoimat ja puolisotilaallinen nepalilainen poliisi. Pääpagodin ominaisuuksiin kuuluvat veistetyt puiset kattoparrut, kuutiomaiset veistokset ja kaksitasoiset katot, jotka on peitetty kupari- ja kultalevyillä. Pagodin neljä pääovea on päällystetty hopealevyillä, kun taas huippu on kultainen.
Temppelissä on kaksi sisätilaa, joihin on sijoitettu Pashupatinathin (AKA Shiva) idoli. Lähellä temppelin länsiovea seisoo pronssinen patsas Nandi-härkää, Shivan pyhää kulkuneuvoa tai vahanaa. Kompleksin temppelit on suunniteltu Vaishnav (Vishnu) ja Shaiva (Shiva) -perinteessä. Pääidoli on kivijumala, jossa on neljä kasvoa, jotka edustavat Shivan eri puolia: Sadyojata (tai Barun), Vamadeva (tai Ardhanareshwara), Tatpurusha, Aghora & Ishana (mielikuvitus). Neljään ilmansuuntaan sekä zeniittiin päin ne edustavat viittä peruselementtiä (maa, vesi, ilma, valo ja eetteri).
Toisin kuin muut Shiva-lingamit Intiassa ja Nepalissa, tämä Pashupati Shiva -idoli on aina kultaisessa suojuksessaan paitsi rukouksen aikana. Maidon ja veden kaataminen Ganges-joesta (ganga jal), jotka ovat hindujen rituaalisen palvonnan vakiotekoja, on mahdollista vain abhisheka-rukousaikoina ja vain pääpappien suorittamana. Pashupatinathin idoliin voivat koskea vain Bhatt-pääpapit, kun taas Bhandari-papit avustavat Bhatt-pappeja päivittäisissä pooja-palvontarituaaleissa.