Erillisvallan päätyttyä vuonna 1994 eteläafrikkalaiset yritykset etsivät ammattilaisia maahanmuuttajiksi, ja monet nigerialaiset tekivät niin. Arvioiden mukaan Etelä-Afrikassa asui 24 000 nigerialaista vuonna 2011.
Suuri osa Etelä-Afrikan hyvästä tahdosta nigerialaisia kohtaan, koska he olivat tukeneet ANC:tä apartheidin aikana, on kadonnut nigerialaisten järjestäytyneen rikollisuuden toiminnan vuoksi maassa. Nigerialaiset järjestäytyneet rikollisryhmät, jotka toimivat enimmäkseen laittomassa huumekaupassa, kasvoivat Etelä-Afrikassa nopeasti vuosina 1994-1998.
Suhteita on arveltu huonontaneen myös maiden välisen kilpailun lisääntyminen asemista monenvälisissä järjestöissä. Nigeria toimi Etelä-Afrikkaa vastaan korvatakseen Nigerian tukeman viranhaltijan Jean Pingin eteläafrikkalaisella sisäministerillä Nkosazana Dlamini-Zumalla Afrikan unionin komission vaikutusvaltaiseen puheenjohtajan virkaan. Suhteet heikkenivät entisestään, kun Etelä-Afrikka tuki virassa olevaa presidenttiä Laurent Gbagboa Norsunluurannikon valtaan vuonna 2011. Dlamini-Zuman voitettua vaalit Nigerian ulkoministeri, suurlähettiläs Olugbenga Ashiru totesi kuitenkin, että vaikka Nigeria kannatti Pingiä AU:n puheenjohtajaksi ”periaatteellisella kannalla yhdessä ECOWAS-jäseniemme kanssa ja pysyimme sen takana”. Mutta kuten tavallista, ihmiset voivat vihjailla, että kun Nigeria ei ollut Etelä-Afrikan leirissä, se tarkoittaa, että Nigeria on Etelä-Afrikkaa vastaan. Me emme ole Etelä-Afrikkaa vastaan.”
IhmisoikeuskritiikkiEdit
Mandelan johtama ANC oli pyrkinyt auttamaan Nigerian poliittisen kriisin ratkaisemisessa vuodesta 1993 lähtien sen jälkeen, kun Nigerian vaalit kesäkuussa 1993 oli mitätöity. Kesäkuussa 1994 Nigerian sotilashallitsija, kenraali Sani Abacha pidätti ja tuomitsi teloitettavaksi 40 poliittista vastustajaa, joiden joukossa olivat Nigerian entinen valtionpäämies Olusegun Obasanjo sekä päällikkö Moshood Abiola. Mandela lähetti arkkipiispa Desmond Tutun ja silloisen varapresidentin Thabo Mbekin peräkkäisille matkoille Nigeriaan lobbaamaan Obasanjon, Abiolan ja yhdeksän muun vapauttamista.
Abacha johti Mandelaa harhaan aina kansainyhteisön huippukokoukseen asti vuonna 1995 ja sai hänet uskomaan, että teloitusta lykättäisiin. Yksi Etelä-Afrikan ensimmäisistä hiljaisen diplomatian kokeiluista epäonnistui kuitenkin, kun Abacha marraskuussa 1995 toteutti yhdeksän Ogoni-johtajan, Ken Saro-Wiwa mukaan lukien, teloituksen. Tämän jälkeen Etelä-Afrikan presidentti Mandela arvosteli julkisesti kenraali Abachaa ihmisoikeusloukkauksista ja ajoi henkilökohtaisesti Nigerian jäsenyyden keskeyttämistä Kansainyhteisössä kahdeksi vuodeksi.177 Mandela arvosteli myös Royal Dutch Shell -yhtiötä siitä, että se oli jatkanut neljän miljardin Yhdysvaltain dollarin kaasuhanketta Nigeriassa siitä huolimatta, että hanke oli epäsuosittu Nigeriassa ja muualla maailmassa.
Tämä johti siihen, että Etelä-Afrikka joutui eristetyksi Afrikassa syytösten vuoksi:
”brittiläisen ja amerikkalaisen imperialismin voimat manipuloivat” Etelä-Afrikkaa ottamaan Nigerian vastaisen kannan.
Kuukauden kuluessa Etelä-Afrikka alkoi perääntyä yrittäessään paikata suhteitaan muihin afrikkalaisiin kansakuntiin; ja yrittäessään saada takaisin alueellista arvovaltaansa muiden afrikkalaisten hallitusten keskuudessa oman kansainvälisen arvostuksensa kustannuksella. Maastakarkotetun nigerialaisen demokraattisen liikkeen johtaja Wole Soyinka yritti 29. maaliskuuta 1995 järjestää konferenssin Etelä-Afrikassa. Etelä-Afrikan hallitus kieltäytyi myöntämästä viisumia nigerialaisille demokraateille kuuteen viikkoon ennen konferenssia. Etelä-Afrikan hallitseva poliittinen puolue ANC vaati konferenssin peruuttamista.
Nigerian debakki pakotti Etelä-Afrikan uuteen ulkopoliittiseen lähestymistapaan. Se johti maan luopumaan ”go it alone” -politiikasta ja siirtymään politiikkaan, jossa pyrittiin rakentamaan kumppanuuksia Afrikan muiden valtioiden kanssa alueellisten ja mantereenlaajuisten elinten kautta. Se sai Etelä-Afrikan myös haluttomaksi ryhtymään vastakkainasetteluun muiden Afrikan valtioiden kanssa. 178
Viisumirajoitukset ja maastapoistamisetMuutos
Kahden maan väliset suhteet vaurioituivat vuonna 2012, kun 125 nigerialaista matkustajaa karkotettiin Etelä-Afrikasta, koska heillä ei ollut voimassa olevia keltakuumatodistuksia. Vastatoimena Nigeria karkotti 56 eteläafrikkalaista liikemiestä. Tämä sai molemmat maat aloittamaan keskustelut maiden välisten matka- ja viisumirajoitusten lieventämisestä keinona parantaa kahdenvälisiä suhteita ja kauppaa.