Nigeriassa uskontoon kuuluminen liittyy vahvasti etnisyyteen, ja etnisten ryhmien väliset alueelliset jaot ovat melko selvät. Hausa- ja fulani-ryhmien hallitsemat pohjoiset osavaltiot ovat pääosin muslimeja, kun taas eteläisissä etnisissä ryhmissä on paljon kristittyjä. Lounaisosissa ei ole vallitsevaa uskontoa. Yoruba-heimo, joka on lounaisosien enemmistö, harjoittaa kristinuskoa, muslimien uskontoa ja/tai perinteistä joruba-uskontoa, jonka keskiössä on usko yhteen ylimpään jumalaan ja useisiin pienempiin jumaluuksiin.
Yleisten tilastojen mukaan noin 50 prosenttia väestöstä on muslimeja, joista enemmistö harjoittaa uskon sunnilaista haaraa. Noin 40 % on kristittyjä ja noin 10 % harjoittaa perinteisiä afrikkalaisia uskontoja tai ei lainkaan uskontoa. Monet ihmiset
sisällyttävät perinteisten uskomusten elementtejä omaan kristinuskon tai islamin harjoittamiseensa. Kristillinen yhteisö koostuu roomalaiskatolilaisista (suurin uskontokunta), metodisteista, anglikaaneista, baptisteista, presbyteereistä sekä evankelisten ja helluntairyhmien jäsenistä.
Vaikka perustuslaki kieltää osavaltioita ja paikallishallintoja julistamasta virallista uskontoa, useat osavaltiot ovat hiljattain ottaneet käyttöön islamilaisen rikos- ja siviilioikeuden eri muodot, jotka tunnetaan nimellä shari’ah, minkä monet kristityt katsovat merkitsevän islamin hyväksymistä tosiasialliseksi uskonnoksi. Perustuslaissa säädetään myös uskonnonvapaudesta, mutta jotkin valtiot ovat kuitenkin rajoittaneet uskonnollisia mielenosoituksia, kulkueita tai kokoontumisia yleisen turvallisuuden vuoksi. Yritysten omistajien ja virkamiesten tiedetään syrjivän eri uskontoa edustavia henkilöitä palvelujen tarjoamisessa ja palkkauskäytännöissä. Samantyyppistä syrjintää esiintyy eri etnisten ryhmien jäsenten välillä. Tiettyjä kristittyjen ja muslimien juhlapäiviä noudatetaan virallisesti.
Kristittyjen ja muslimien välillä on suuria jännitteitä, ja molempiin ryhmiin on kohdistunut väkivaltaa. Ristiriidat saattavat kuitenkin johtua ensisijaisesti etnisistä ja alueellisista eroista, sillä on useita raportteja saman uskonnon eri etnisten ryhmien välisestä väkivallasta.