Peptidi on nimitys, joka on annettu aminohappojen lyhyille polymeereille. Ne luokitellaan ketjussa olevien aminohappoyksiköiden, joita kutsutaan aminohappojäännöksiksi, lukumäärän mukaan. Tripeptideissä on kolme aminohappojäännöstä ja tetrapeptideissä neljä. Polypeptidi muodostuu, kun aminohappojäännösten ketjun pituus ylittää useita kymmeniä. Proteiini on molekyyli, joka koostuu yhdestä tai useammasta polypeptidiketjusta.
Proteiinit ovat aminohappojen haarautumattomia polymeerejä, jotka ovat kytkeytyneet päästä päähän karboksyyliryhmästä aminoryhmään kovalenttisia peptidisidoksia muodostamalla. Proteiinin peptidirunko koostuu toistuvasta sekvenssistä.
-N-Ca- C, jossa N edustaa amidityppeä, Ca edustaa aminohapon a-hiiliatomia polymeeriketjussa ja viimeinen C on aminohapon karbonyylihiili. Tämä C liittyy puolestaan seuraavan aminohapon amidi-N:ään ja niin edelleen. Haarautumattomalla polypeptidiketjulla on kaksi päätä, aminoterminaalinen eli N-terminaalinen pää ja karboksyyliterminaalinen eli C-terminaalinen pää.