Madagaskariin asutettiin ensimmäisen kerran noin 2000 vuotta sitten. Madagaskarin uudisasukkaat olivat joko indonesialaisia tai indonesialais-afrikkalaissyntyisiä ihmisiä. Arabikauppiaat saapuivat paikalle noin 800-900 jKr, kun kauppiaat alkoivat käydä kauppaa pohjoisrannikolla.
Ensimmäinen tunnettu eurooppalainen, joka näki Madagaskarin, oli portugalilainen merikapteeni Diogo Dias, joka havaitsi saaren 10. elokuuta 1500 sen jälkeen, kun hänet oli suistettu kurssiltaan matkalla Intiaan. Hän antoi saarelle nimen Saint Lawrence. Myöhemmin 1500-luvulla portugalilaiset, ranskalaiset, hollantilaiset ja englantilaiset yrittivät kaikki perustaa Madagaskariin kauppapaikkoja. Kaikki nämä yritykset epäonnistuivat vihamielisten olosuhteiden ja paikallisten madagaskarilaisten sotureiden rajujen taistelujen vuoksi.
Eurooppalaiset saivat ensimmäisen kerran jalansijaa Madagaskarilla 1600-luvun lopulla, kun merirosvot hallitsivat saaren itärannikkoa. Nämä merirosvot käyttivät Madagaskaria tukikohtanaan hyökätessään laivoihin, jotka toivat tavaroita Intiasta Eurooppaan. Ranskalaiset yrittivät 1700-luvulla perustaa sotilasasemia itärannikolle, mutta epäonnistuivat jälleen. 1800-luvun alkuun mennessä ainoa ranskalaisten hallussa oleva asutus oli Sainte Marien saari.
1700-luvulla länsirannikon sakalavat perustivat ensimmäisen Madagaskarin kuningaskunnan. Vuonna 1810 heidän kilpailijansa, merinat, perustivat valtakunnan, joka hallitsi suurinta osaa muusta saaresta. Heidän kuninkaansa Radama I solmi suhteet brittiläisiin ja avasi maan englantilaisille lähetyssaarnaajille, jotka levittivät kristinuskoa koko saarelle ja muuttivat madagaskyn kirjakieleksi. Radaman valtakaudella pienimuotoinen teollinen vallankumous toi saarelle teollisuutta. Radaman kuoleman jälkeen hänen seuraajakseen tuli hänen leskensä Ranavalona I, joka terrorisoi maata 33 vuoden ajan vainoamalla kristittyjä, häätämällä ulkomaalaisia, teloittamalla poliittisia kilpailijoita ja ottamalla uudelleen käyttöön tavan, jonka mukaan epäonnisina päivinä syntyneet vauvat tapettiin. Hänen kuolemansa jälkeen suhteet Eurooppaan palautettiin.
Vuonna 1883 Ranska hyökkäsi Madagaskariin, ja vuoteen 1896 mennessä se oli ottanut saaren hallintaansa, josta tuli Ranskan siirtomaa. Ranska käytti Madagaskaria puutavaran ja eksoottisten mausteiden, kuten vaniljan, lähteenä. Madagaskarilaisilla oli kaksi suurta kansannousua ranskalaisia vastaan, vuosina 1918 ja 1947, mutta maa itsenäistyi vasta 26. kesäkuuta 1960.
Vuonna 1975 Didier Ratsiraka otti maan vallan. Hän hallitsi Madagaskaria diktaattorina, kunnes hänet syöstiin vallasta vuonna 1991 taloudellisen romahduksen keskellä. Hän sai pian sen jälkeen takaisin presidentin viran ja hallitsi, kunnes hävisi kiistanalaiset vaalit vuonna 2001. Uusi presidentti Marc Ravalomanana lupasi tuoda maahan demokratian. Ravalomanana oli saanut alkunsa myymällä jogurttia kaduilla polkupyörän selästä, mutta hän rakensi liikeimperiumin ja nousi Madagaskarin rikkaimmaksi mieheksi. Vuodesta 2005 lähtien hän on edelleen presidentti, ja talous paranee edelleen.
