Viime vuosina lukuisia LGBT-ihmisiä on murhattu, ja jotkut ovat syyttäneet näistä teoista poliitikkoja ja uskonnollista yhteisöä.
Jorge Steven López Mercadon, 19-vuotiaan opiskelija Jorge Steven López Mercadon paloiteltu ruumis löydettiin 14. marraskuuta 2009 Cayeysta, joka sijaitsee saaren sisäosassa. López tunnettiin laajalti homojen oikeuksia ja HIV:n ehkäisyä ajavien järjestöjen vapaaehtoistyöntekijänä, ja aktivistit suunnittelivat hänen muistomielenosoituksiaan muun muassa San Juanin, Chicagon ja New Yorkin kaupungeissa. Paikallisen poliisin mukaan tapausta tutkitaan mahdollisena viharikoksena vastikään hyväksytyn Yhdysvaltain liittovaltion viharikoslain nojalla, joka kattaa myös homoihin tai transsukupuolisiin henkilöihin kohdistuvat (tai sellaisiksi koetut) rikokset. Juan A. Martinez Matos pidätettiin muutama päivä López Mercadon ruumiin löytymisen jälkeen. Martinez Matos tunnusti 12. toukokuuta 2010 syyllisyytensä, ja hänet tuomittiin 99 vuoden vankeusrangaistukseen López Mercadon murhasta.
19. huhtikuuta 2010 Corozalin kaupungissa asuneen transsukupuolisen Ashley Santiagon ruumis löydettiin hänen kotinsa keittiöstä. Santiago, paikallisen kampaamon stylisti, löydettiin alasti lattialta, ja tuntematon hyökkääjä oli puukottanut häntä 14 kertaa.
Syyskuun 13. päivänä 2010 Juana Diazin pikkukaupungissa sijaitsevan tien varrelta löydettiin kahden transseksuaalin, Justo Luis ”Michelle” Gonzalezin ja Miguel Orlando ”La Flaca” Soton, ruumiit murhattuna. Näiden kahden kuolemantapauksen myötä saaren LGBT-aktivistit ovat todenneet, että saarella on tapettu yhdeksän homo- ja transsukupuolista ihmistä viimeisten 10 kuukauden aikana, eivätkä paikalliset viranomaiset ole reagoineet riittävästi näihin rikoksiin. Lokakuussa 2012 Carolinassa asuva transsukupuolinen nainen Malena Suarez löydettiin kuolleena kotoaan useiden puukotusten seurauksena. Hänen kuolemansa oli 30. homoseksuaaleja vastaan tehty henkirikos Puerto Ricossa vuosikymmeneen.