Marion Sinclair kuoli vuonna 1988, joten kappale on Australian tekijänoikeuslain mukaan edelleen tekijänoikeuden alainen. Kustannusoikeudet ovat Larrikin Musicin hallussa. Yhdysvalloissa oikeuksia hallinnoi Music Sales Corporation New Yorkissa.
Kesäkuussa 2009 Larrikin Music haastoi Men at Work -yhtyeen oikeuteen tekijänoikeusrikkomuksesta väittäen, että osa yhtyeen vuoden 1981 singlen ”Down Under” huiluriffistä oli kopioitu kappaleesta ”Kookaburra”. Kanne seurasi Spicks and Specks -sarjan jaksoa, jossa kyseinen käyttö oli paneelikysymyksen pohjana. Yhtyeen levy-yhtiön ja kustannusyhtiön (Sony BMG Music Entertainment ja EMI Songs Australia) asianajajat väittivät, että sen sopimuksen perusteella, jonka mukaan kappale oli kirjoitettu, tekijänoikeus oli itse asiassa Girl Guides Associationilla. Australian liittovaltion tuomioistuimen tuomari Peter Jacobson teki 30. heinäkuuta 2009 ennakkopäätöksen, jonka mukaan Larrikin omisti kappaleen tekijänoikeudet, mutta kysymys siitä, olivatko lauluntekijät Colin Hay ja Ron Strykert plagioineet riffin, ratkaistaisiin myöhemmin. Tuomari Jacobson antoi 4. helmikuuta 2010 tuomionsa, jonka mukaan Men at Work oli loukannut Larrikinin tekijänoikeutta ja että molemmat tuomioistuimelle toimitetut äänitteet ”… toistavat olennaisen osan Kookaburra-kappaleesta”. Larrikin haki sittemmin tuomioistuimelta 40-60 prosenttia kappaleen tekijänoikeuskorvauksista takautuvasti vuodelta 1981, mutta 6. heinäkuuta 2010 Justice Jacobson myönsi yhtiölle 5 prosenttia tekijänoikeuskorvauksista takautuvasti vuodelta 2002 – arviolta kuusinumeroisen summan.
Tuomarit Arthur Emmett, Jayne Jagot ja John Nicholas hylkäsivät 31. maaliskuuta 2011 levy-yhtiö EMI:n valituksen ja totesivat, että kappaleen ”Kookaburra Sits in the Old Gum Tree” tekijänoikeuksia oli loukattu. Yksi yhtyeen lauluntekijöistä, Colin Hay, sanoi jälkikäteen, että tulos oli pettymys ja että he harkitsevat kantaansa tarkasteltuaan tuomiota tarkemmin. Lokakuussa 2011 yhtye hävisi viimeisen oikeudenkäynnin, kun Australian korkein oikeus kieltäytyi käsittelemästä valitusta.