Johanneksen salaisesta ilmoituksesta on tällä hetkellä neljä säilynyttä kappaletta. Ne ovat perusrakenteeltaan ja sisällöltään pitkälti samanlaisia. Yksi huomattava ero koodeksien välillä on niiden yksilöllinen pituus. Berliinin koodeksi ja Nag Hammadin koodeksi III ovat lyhyempiä kuin Nag Hammadin koodeksit I ja II. Toinen ero koodeksien välillä on Vapahtajan/Kristuksen hahmon kuvaus. Berliinin koodeksissa käytetään yleensä useammin termiä ”Kristus”, kun taas Nag Hammadi-koodeksin III kertomuksessa käytetään usein termiä ”Herra” tai ”Vapahtaja”. Nag Hammadi III -koodeksi kuitenkin päättää tekstinsä rukoukseen ”Jeesus Kristus, aamen”. Tekstien kristilliseen kehystykseen liittyvä lisäero on se, että Nag Hammadi-koodeksissa III käsitellään yksityiskohtaisemmin Kristuksen/Vapahtajan hahmon laskeutumista Demiurgin vankilamaailmaan ja hänen rooliaan ihmiskunnan heräämisen ja vapautumisen mahdollistajana. Nämä erot saattavat edustaa jonkinasteista vaihtelua tavassa, jolla gnostilainen kosmologia liitettiin kristilliseen kontekstiin.
Alla oleva yhteenveto apokryfonista on peräisin Wissen käännöksestä.
Teksti alkaa sillä, että Johannes kuvaa omaa surun ja hämmennyksen tilaansa Kristuksen ristiinnaulitsemisen jälkeen. Sitten Vapahtaja ilmestyy, ottaa erilaisia muotoja ja Johanneksen pelkojen karkottamisen jälkeen antaa seuraavan kosmologisen kertomuksen.
Korkein jumalallinen periaate on Monadi. Monadi kuvataan ”monarkiaksi, jonka yläpuolella ei ole mitään”. Hän on korkein, absoluuttinen, ikuinen, ääretön, täydellinen, pyhä ja itseriittoinen. Kuitenkin korostetaan myös hänen transsendenttistä sanomattomuuttaan. Hän ei ole mitattavissa eikä hänen ominaisuuksiaan voida koskaan todella kuvata. Monadi on olemassa käsittämättömässä täydellisyydessä.
Monadi tuottaa ajatuksestaan feminiinisen jumalallisen entiteetin tai periaatteen nimeltä Barbelo. Häntä kuvataan ”ensimmäiseksi ajatukseksi” ja Monadin ”kuvaksi”. Vaikka Barbeloon viitataan aina ”naisena”, häntä kuvataan myös sekä alkuaikojen äidiksi että isäksi. Häntä pidetään myös ”ensimmäisenä miehenä”, ja häntä kuvataan erilaisin androgyynisin termein. Hän on ensimmäinen olentojen luokasta, johon viitataan nimellä Aeonit, ja hänen ja Monadin välinen vaihto synnyttää muut Aeonit. Lisäksi Valon ja Mielen ominaisuudet syntyvät Monadin heijastuksesta Barbeloon. Valo on synonyymi Kristukselle, jota kutsutaan myös nimellä ”Kristus Autogenes”. Valo ja Mieli harjoittavat edelleen luovaa toimintaa Barbelon ja Monadin korkeampien periaatteiden avustamana ja niitä ylistämällä. Yhdessä ne synnyttävät uusia aeoneja ja voimia.
Lopulta yksi aeoneista, ”Epinoian” Sophia, häiritsee näiden prosessien harmoniaa ryhtymällä luovaan toimintaan ilman Monadin Hengen osallistumista tai suostumusta ja ilman miespuolisen puolison apua. Hänen ajatustensa luova voima synnyttää Yaltabaoth-nimisen olennon, joka on ensimmäinen epätäydellisistä, demonisista olennoista, joita kutsutaan arkoneiksi. Yaltabaothilla, jonka luonne on pahansuopa ja ylimielinen, on myös irvokas muoto. Hänen päänsä on leijonan pää, kun taas hänellä on käärmevartalo. Tunnistaessaan jälkeläisensä epämuodostuneen ja epätäydellisen luonteen Sophia yrittää kätkeä sen jonnekin, missä muut aeonit eivät löydä sitä. Yaltabaothin piilottaminen johtaa myös siihen, että Yaltabaoth itse pysyy tietämättömänä ylämaailmasta ja muista aeoneista.
Huolimatta siitä, että Yaltabaothilla on vain yksi vanhempi ja että hänet on luotu ilman Monadin hengen suostumusta, hänellä on tarpeeksi voimaa jäljitellä ylempien aeonien luovia prosesseja. Hän luo kokonaisen joukon muita arkoneita, jotka kaikki jakavat hänen pohjimmiltaan puutteellisen luonteensa, ja luo maailman, jossa ne voivat asua. Tämä maailma on pohjimmiltaan huonompi kuin edellä oleva maailma. Se on luotu pimeydestä, mutta sitä elävöittää Sofiasta varastettu valo. Tuloksena on maailma, joka ei ole ”vaalea eikä pimeä” vaan ”hämärä”. Ylimielisyydessään ja tietämättömyydessään Yaltabaoth julistaa itsensä tämän valtakunnan ainoaksi ja kateelliseksi jumalaksi.
Tunnustaessaan Yaltabaothin ja hänen väärennetyn maailmansa epätäydellisyyden Sophia tekee parannuksen. Anteeksi antaessaan virheensä Monadin henki avustaa muita aeoneja ja voimia yrityksessä lunastaa Sophia ja hänen äpäräluomuksensa. Tämän prosessin aikana Yaltabaoth ja hänen arkoninsa kuulevat Monadin Hengen äänen. Vaikka ääni kauhistuttaa heitä, sen kaiku jättää jäljen Hengen kuvasta ”vesiin”, jotka muodostavat heidän valtakuntansa katon. Toivoen voivansa valjastaa tämän voiman itselleen, he yrittävät luoda kopion tästä kuvasta. Tämän prosessin lopputuloksena syntyy ensimmäinen ihminen, Aadam.
Havaitessaan tilaisuuden saada takaisin Yaltabaothin ja hänen maailmansa pimeyteen vangittu valo, Sophia ja korkeamman järjestyksen agentit, joihin viitataan eri tavoin nimillä ”plenoria” tai ”epinoia” ja myöhemmin nimellä ”pleroma”, suunnittelevat suunnitelman. He huijaavat Yaltabaothia puhaltamaan oman henkisen olemuksensa Aadamiin. Tämä elävöittää samalla Aatamin ja tyhjentää Yaltabaothin siitä osasta hänen olemustaan, joka on peräisin Sofiasta.
Näkiessään nyt elävöityneen Aatamin valovoiman, älykkyyden ja yleisen ylivertaisuuden Yaltabaoth ja arkonit katuvat luomustaan ja tekevät parhaansa vangitakseen tai hävittääkseen hänet. Koska se ei onnistu, he yrittävät neutralisoida hänet sijoittamalla hänet Eedenin puutarhaan. Tässä kertomuksessa Eedenin puutarha on väärä paratiisi, jossa puiden hedelmät ovat syntiä, himoa, tietämättömyyttä, vankeutta ja kuolemaa. Vaikka he antavat Aadamille pääsyn elämän puuhun, he kätkevät hyvän ja pahan tiedon puun. Tämän kertomuksen mukaan Tiedon puu edustaa itse asiassa korkeamman maailman ja Epinoian positiivisten voimien tunkeutumista Yaltabaothin valtakuntaan.
Kertomuksen tässä vaiheessa Kristus paljastaa Johannekselle, että hän oli se, joka sai Aatamin syömään Tiedon puun hedelmän. Lisäksi paljastuu, että Eeva on korkeamman järjestyksen edustajien lähettämä auttaja, jonka tehtävänä on auttaa vapauttamaan Yaltabaothin luomakunnassa ja Aadamissa vangittuna oleva valo. Hänet luodaan, kun Yaltabaoth yrittää vetää valon ulos Aadamista. Tämä johtaa naisruumiin luomiseen. Kun Aatami havaitsee naisen, hän näkee heijastuksen omasta olemuksestaan ja vapautuu Yaltabaothin lumoavasta vallasta.
Kertomuksessa kerrotaan sitten yksityiskohtaisesti Yaltabaothin yrityksistä saada valon olemus takaisin hallintaansa. Hänen ensisijainen suunnitelmansa on käynnistää ihmisen lisääntymistoiminta, jonka avulla hän toivoo voivansa luoda uusia ihmiskehoja, joissa asuu väärennetty henki. Tämän väärennetyn hengen avulla Yaltabaoth ja hänen agenttinsa voivat huijata ihmiskuntaa pitämällä heidät tietämättöminä todellisesta luonteestaan, ja se on ensisijainen keino, jolla Yaltabaoth pitää ihmiskunnan alistettuna. Se on kaiken maallisen pahan ja hämmennyksen lähde, ja se saa ihmiset kuolemaan, ”kun he eivät ole löytäneet totuutta eivätkä tunne totuuden Jumalaa.”
Tämän ilmestyksen jälkeen kertomus etenee Johanneksen ja Vapahtajan välisten kysymysten ja vastausten sarjana. Niissä käsitellään useita aiheita, mutta ne ovat luonteeltaan suurelta osin soteriologisia. Johannes kysyy Kristukselta, kuka on oikeutettu pelastukseen, ja Kristus vastaa, että ne, jotka joutuvat kosketuksiin oikean Hengen kanssa, saavat pelastuksen, kun taas ne, joita väärennetty henki hallitsee, saavat kadotuksen. Kristus paljastaa tässä yhteydessä myös oman roolinsa korkeamman valtakunnan vapauttajana. Kristus, joka kuvailee itseään ”Pronoian muistoksi” ja ”pleroman muistoksi”, tuo valoa Jaltabaotin vankilan pimeyteen. Täällä hän herättää vangit heräämään ja muistamaan. Ne, jotka ottavat vastaan Kristuksen ilmestyksen ja heräävät siitä, nostetaan ylös ja ”sinetöidään … veden valossa viidellä sinetillä”. Näin he säästyvät kuolemalta ja kadotukselta. Tätä Kristuksen rooliin liittyvää näkökohtaa käsitellään tarkemmin Nag Hammadin koodeksissa III, kun taas Berliinin koodeksista se on jätetty pois.
Tähän päättyy Kristuksen sanoma. Lopuksi Vapahtaja toteaa, että jokainen, joka jakaa näitä ilmoituksia henkilökohtaisen hyödyn tavoittelemiseksi, kirotaan. Nag Hammadi Codex III:n versio tekstistä päättyy rukoukseen: ”Jeesus Kristus, aamen”.