Käsitteellä flaamilainen maalaustaide tarkoitetaan teoksia, jotka on tuotettu 1400-1700-luvuilla alueella, joka suurin piirtein vastaa nykyistä Belgiaa. Siellä alettiin 1400-luvulla valmistaa maalauksia, jotka kiehtoivat taiteen ystäviä kaikkialla Euroopassa yksityiskohtien realistisuuden ja pintojen kiiltävyyden ansiosta, jotka saavutettiin uudella öljyvärin käytöllä. Koska Espanja ja vanhat Alammaat olivat 1400-luvun lopusta lähtien Habsburg-dynastian yhteisessä hallinnassa, Espanjan monarkit olivat edullisessa asemassa kerätessään maalauksia tältä alueelta. Tämän seurauksena Museo del Pradossa on yksi parhaista ja suurimmista flaamilaisen maalaustaiteen kokoelmista, jossa on lähes 1 000 teosta.
1500-luvun maalaustaiteen kokoelmassa on huomattavana Rogier van der Weydenin (n. 1399-1464) teos ”Laskeutuminen ristiltä”, joka on yksi Euroopan taidehistorian suurista kanonisista teoksista. Pradossa ovat hyvin edustettuina myös Robert Campin (n. 1375-1444), Hans Memling (toiminut vuosina 1465-1494) ja 1500-luvun alussa Gerard David (n. 1460-1523) ja Jan Gossaert (n. 1478-1532).).
Hieronmyous Bosch, joka tunnetaan Espanjassa nimellä El Bosco, on yksi niistä taidemaalareista, jotka kiehtovat eniten nykyajan museokävijöitä hänen maalauksissaan nähtävän huomattavan fantastisen maailman ja satiirisen sävynsä vuoksi, jolla hän kritisoi ihmisten käyttäytymistä. Joitakin vuosikymmeniä taiteilijan kuoleman jälkeen Filip II:sta tuli hänen teostensa pääasiallinen keräilijä, mikä selittää sen, miksi Museo del Pradossa on maailman paras ja suurin kokoelma.
1600- ja 1600-luvuilla Antwerpenistä tuli yksi Euroopan tärkeimmistä taiteellisista keskuksista. Sen kilpailluilta taidemarkkinoilta nousivat esiin ensimmäiset tunnetut Joachim Patinirin (n. 1480-1524) maalaamat maisemat, ja Pradossa on neljä hänen tärkeintä teostaan. Myös suuri Pieter Brueghel vanhempi (1552/30-1569), joka loi 1500-luvulla hienon ja makaaberin Kuoleman riemuvoiton sekä Pyhän Martin päivän viinin, joka on yksi museon tärkeimmistä hankinnoista viime vuosikymmeninä.
1600-luvun flaamilaisen maalaustaiteen suuri hahmo oli Rubens (1577-1640), josta tuli Euroopan tunnetuin taiteilija ja joka oli myös suuren espanjalaisen suojelijansa Filippus IV:n suosikkimaalari. Rubens loi aistikkaan ja majesteettisen teoskokonaisuuden, joka oli saanut vaikutteita antiikin taiteesta. Museo del Pradossa on Rubensin suurin kokoelma hänen teoksiaan, noin yhdeksänkymmentä maalausta (riippuen siitä, hyväksytäänkö tai hylätäänkö yksi tai kaksi attribuutiota). Erittäin tärkeitä ovat myös museon teokset muilta 1600-luvun flaamilaisilta taiteilijoilta, kuten Jan Brueghel vanhemmalta (1568-1625), Jordaensilta (1593-1678) ja Van Dyckiltä (1599-1641).
Pradon saksalaisen renessanssin maalaustaiteen kokoelma on pieni mutta laadukas. Siihen kuuluu neljä merkittävää Dürerin (1471-1528) maalausta, mukaan lukien omakuva, ja kaksi tärkeää Lucas Cranach vanhemman (1472-1553) metsästyskohtausta.
Museon 1600-luvun hollantilaisen maalaustaiteen kokoelma on niin ikään pieni, mikä johtuu Espanjan monarkian ja Alankomaiden pohjoisten maakuntien välisestä sodasta aikana, jolloin kuninkaalliset kokoelmat pääasiassa koottiin. Pradossa on kuitenkin merkittävä Rembrandtin maalaus Judith Holofernesin juhlissa sekä merkittävä ryhmä Roomassa työskennelleiden hollantilaisten taiteilijoiden Jan Bothin (1618/22-1652) ja Herman van Swaneveltin (1603/4-1655) maisemia.
Pradossa on kuitenkin merkittävä maalaus Judith Holofernesin juhlissa.