Vuonna 1995 FACTNet oli esillä uutisissa, koska Religious Technology Center (RTC) oli takavarikoinut FACTNetin palvelimet ja tiedostot. RTC on Scientology-kirkon alajärjestö, joka on perustettu valvomaan kirkon tavaramerkkien ja tekijänoikeuksien suojelua. Elokuussa 1995 RTC:n lakimiehet kääntyivät denveriläisen tuomarin puoleen väittäen, että FACTNet rikkoi tekijänoikeuksia ja käytti laittomasti skientologian asiakirjoja, sillä FACTNet kritisoi äänekkäästi järjestön käytäntöjä. Elokuun 21. päivänä 1995 kaksi Yhdysvaltain sheriffiä ja kuusi RTC:n edustajaa tekivät ratsian kahden johtajan koteihin, ja varsinaisen raskauttavien asiakirjojen etsinnän suoritti RTC yksin. Etsintöjen todistajat todistivat, että poliisimiehet antoivat RTC:n edustajien mennä paljon pidemmälle kuin määräyksessä oli määrätty heidän etsiessään tietoja. Järjestyksenvalvojat eivät myöskään tutkineet edustajia ennen tai jälkeen etsinnän, mikä mahdollisti sen, että nämä saattoivat viedä mukanaan levykkeitä ja muita asiakirjoja, jotka sisälsivät kriittisiä tietoja. FACTNet syytti välittömästi skientologiakirkkoa yrityksestä vaientaa heidän äänensä varastamalla ja saastuttamalla tietoja, jotka ovat elintärkeitä heidän jatkuville hyökkäyksilleen ja oikeudenkäynneilleen kirkkoa vastaan. Raiskaukset herättivät keskustelua sekä internetissä että yliopistossa, ja Denverissä, Coloradossa, yliopiston mielenosoittajat pitelivät kylttejä, joissa luki: ”Kädet pois internetistä” ja ”Scientology ahdistelee kriitikoita”, kun taas vastamielenosoittajat Boulderin piirikunnan oikeustalolla kantoivat muun muassa seuraavia kylttejä: ”Vain rikolliset levittävät laittomuuksia Internetissä.”
FACTNet nosti kanteen, ja 14. syyskuuta 1995 liittovaltion tuomari totesi takavarikon laittomaksi, koska se loukkasi FACTNetin oikeutta sananvapauteen Internetissä, ja määräsi RTC:n palauttamaan kaikki takavarikoidut tietokoneet ja tiedostot. Tuomari John Kane totesi Yhdysvaltain piirituomioistuimessa antamassaan tuomiossa seuraavaa: ”Yleistä etua palvelee parhaiten ajatusten vapaa vaihto.” FACTNet toteaa kuitenkin, että sille on aiheutunut korvaamatonta vahinkoa, koska RTC oli rikkonut sen asiakirjojen salassapitovelvollisuutta. Electronic Frontier Foundationin asianajaja hyväksyi tuomarin päätöksen asiassa todeten: ”Heillä ei todellakaan ole oikeutta takavarikoida kaikkea ja kalastella ympäriinsä. Vaikuttaa siltä, että ajatellaan, että tietokoneen sisältämät asiat eivät ole saman suojan piirissä. Luulen, että laki on saamassa meitä kiinni.” Helena K. Kobrin, skientologiakirkon asianajaja, joka työskentelee yrityksessä Moxon & Kobrin, puolusti tietokoneiden takavarikointia ja sanoi tuomarin päätöksen jälkeen: ”Eilinen päätös oli hyvin surullinen päivä immateriaalioikeuksien omistajille ja hyvin surullinen päivä Internetille.”
Sarjassa tapauksia skientologia (tytäryhtiönsä Bridge Publicationsin kautta) haastoi FACTNetin oikeuteen väitetyistä tekijänoikeusloukkauksista. Vuonna 1998 liittovaltion tuomari John Kane hylkäsi Scientologyn hakemuksen summaarisesta tuomiosta, koska FACTNet kiisti Scientologyn omistusoikeuden asiakirjojen tekijänoikeuksiin. Myöhemmin vuonna 1999 päästiin sovintoon, jonka ehtona oli, että jos FACTNet joskus todetaan syylliseksi kirkon tekijänoikeuksien rikkomiseen, se määrätään pysyvästi maksamaan kirkolle miljoona dollaria.
FACTNet on pitänyt suhteellisen matalaa uutisprofiilia vuodesta 1999 lähtien, ja se on toisinaan vedonnut siihen, että se on puhunut tärkeinä pitämiään aiheita vastaan. John Travoltan tähdittämä Battlefield Earth -elokuva vuodelta 2000 herätti kiistaa, koska se perustui skientologiakirkon perustajan L. R. Hubbardin kirjaan ja Travolta oli tunnettu skientologi. The Guardian kertoi FACTnetin väitteistä, joiden mukaan elokuva oli skientologian julistustyötä, ja totesi: ”FACTnet väitti, että skientologit olivat ovelasti lisänneet elokuvaan alitajuisia viestejä saadakseen uusia käännynnäisiä liittymään kirkkoon.” Elokuvan tekijät vakuuttivat, ettei sillä ollut mitään tekemistä skientologiakirkon kanssa, mutta The New York Times kertoi FACTnetin väitteistä seuraavaa: ”…elokuvan rahoitti salaa skientologia, ja että skientologia suunnittelee rekrytointitoimia samaan aikaan elokuvan julkaisun kanssa.” Sosiologian professori James Richardson ei ollut samaa mieltä FACTnetin väitteistä ja totesi: ”Epäilen vakavasti, että kukaan ei lähde liittymään skientologiaan vain siksi, että hän näkee tämän elokuvan.” Vuonna 2002, kun Lawrence Wollersheim oli voittanut 8,7 miljoonan Yhdysvaltain dollarin tuomion skientologiakirkkoa vastaan, FACTnet julkaisi sivustollaan hänen lausuntonsa, jossa lainattiin: ”Kultti, joka vannoi, ettei se koskaan maksaisi minulle penniäkään, on nyt maksanut yli 86 miljoonaa penniäkään.” FACTNet ilmaisi tukensa South Park -televisiosarjan jaksolle ja palkitsi henkilökuntansa ”Vuoden 2005 FACTNet-henkilö(t)” skientologiasta kertovasta satiirisesta jaksosta ”Trapped in the Closet”. Vuonna 2006 FACTnetin johtajaa Wollersheimia kuultiin skientologi Elli Perkinsin kuolemaa käsittelevässä 48 Hours -ohjelmassa ”Scientology – A Question of Faith”. Wollersheimia siteerattiin jutussa toteamalla: ”Scientology. Se on pahin esimerkki uskonnollisessa ympäristössä tapahtuvasta mielenhallinnasta, jota on koskaan ollut olemassa”. Ohjelmassa todettiin myös, että skientologiakirkko luonnehtii häntä ”valehtelijaksi ja huijariksi” ja vakuuttaa, että suurin osa sen jäsenistä elää onnellista ja täytettyä elämää.