Neljäs ja viimeinen elokuva Rebuild of Evangelion, Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time, ilmestyy vihdoin vuonna 2021 koronaviruspandemian aiheuttaman lähes puolen vuoden viivästyksen jälkeen. Studio Khara suunnitteli aiemmin julkaisevansa elokuvan kolmannen osan Evangelionin rinnalla: 3.0:n kanssa, mutta se lykättiin myöhemmin vuoteen 2015 ja lykättiin jälleen toistaiseksi.
Tiede-elokuvat kertovat uudelleen suositun mecha anime-televisiosarjan, Neon Genesis Evangelionin, tarinan. Kun pääohjaaja ja käsikirjoittaja Hideaki Anno alkoi työskennellä Tohon Shin Godzilla -elokuvan parissa, Studio Khara joutui pitämään neljännen elokuvan suunnitelmat jäissä. Hänellä oli tiettävästi vaikeuksia työskennellä kolmannen elokuvan parissa ja hän kärsi jopa masennuksesta. Elokuvan virallinen esituotanto alkoi Shin Godzillan ilmestyttyä loppuvuodesta 2016.
Studio Khara kävi lokakuussa 2020 läpi elokuvan animaatioiden kiireellisen tarkistuksen, ennen kuin se siirtyi leikkausvaiheeseen saadakseen parhaan lopputuloksen. Animaatiostudio kertoi, että neljännen elokuvan kesto on yli kaksi tuntia. Studio Khara esitteli elokuvan ensimmäiset kymmenen minuuttia Los Angelesissa järjestetyssä Anime Expo 19 -tapahtumassa, Shanghaissa järjestetyssä CCG Expo 2019 -tapahtumassa ja Pariisissa järjestetyssä Japan Expo 2019 -tapahtumassa.
Neljännen elokuvan esikatselukuva on nähtävissä kolmannen elokuvan lopussa.
Tuotantoyhtiö on paljastanut elokuvan tunnuskappaleen. Evangelion: 3.0+1.0:n tunnuskappale tulee olemaan laulajan Utada Hikarun ensimmäinen japaninkielinen EP, One Last Kiss. Fanit voivat ladata kappaleen neljännen elokuvan virallisen teatterilevityksen jälkeen. Lisäksi fanit voivat ladata tai omistaa edellisen tunnuskappaleen remasteroidut versiot 27. tammikuuta 2021.
Hideaki Anno vahvisti, että neljännessä elokuvassa nähdään uusi Evangelion-yksikkö. Uuden Evangelion-yksikön nimi tulee olemaan Evangelion Mark 10. Tällä uudella yksiköllä tulee olemaan sama värimaailma kuin edellisellä yksiköllä, Eva 09:llä, jonka Asuka tuhosi. Neljännen elokuvan pääjuoni perustuu joko viestien vastaanottamiseen tulevaisuudesta tai viestien lähettämiseen menneisyyteen.