San Diego Padres Muokkaa
Lee varattiin San Diego Padresin vuoden 1993 MLB-luonnoksen ensimmäisellä kierroksella (14. yleiskierros), ja hän debytoi MLB:ssä 28. huhtikuuta 1997.
Florida Marlins Muokkaa
Leee kaupattiin vuotta myöhemmin yhdessä muiden pelaajien kanssa Floridan Marlinsiin Kevin Brownin tilalle, ja hän oli jäsenenä Marlinsin mestarijoukkueessa vuoden 2003 World Seriesissä. Lee voitti ensimmäisen Gold Glove -hanskansa mestaruuskaudella 2003, ja hänen näyttävä otteensa ja avustamaton putouttinsa Hideki Matsuin kovaan lyöntiin, jonka hän teki yhdellä hipaisulla, tukahdutti Yankeesin rallin ja päätti World Seriesin viidennen pelin Marlinsin voittoon. Marlins voitti World Seriesin 6. pelissä.
Chicago CubsEdit
Lee kaupattiin Cubsiin Hee-seop Choita vastaan. Hän löi ensimmäisenä vuotenaan Cubsissa .278 pistettä 32 kunnarilla ja 98 RBI:llä. Vuonna 2005 Lee pelasi uransa ensimmäisen puoliskon: MLB:n paras lyöntikeskiarvo oli .376, hän teki 72 RBI:tä ja oli 27 kotijuoksullaan Major Leen ykkönen.
Cubs oli kaupannut ennen kautta 2005 supertähti Sammy Sosan, joka oli aiemmin ollut yksi sen parhaista lyöjistä. Lee osoitti jo varhain, että hän pystyi enemmän kuin korvaamaan menetyksen, ja kun Sosa pelasi pettymyskauden 2005 Baltimore Oriolesissa, Lee pelasi uravuoden. Kauden puoliväliin mennessä hän oli MLB:n kärkisijoilla jokaisessa triple crown -luokassa: lyöntikeskiarvo, kunnarit ja RBI:t. Lee löi uransa 200. kunnarin 28. elokuuta 2005 Florida Marlinsin aloittajaa Josh Beckettiä vastaan. Hän päätti vuoden uransa parhaaseen 46 kunnariin. Hänen lyöntikeskiarvonsa 0,335 oli Cubin korkein sitten Bill Madlockin 0,339 vuonna 1976 ja teki hänestä ensimmäisen Cubin sitten Bill Bucknerin vuonna 1980, joka voitti National Leaguen lyöntimestaruuden. Hän sijoittui myös kolmanneksi NL:n MVP-äänestyksessä ja voitti samana vuonna NL:n Gold Glove- ja Silver Slugger -palkinnot ykköspesiksen pelaajana.
Lee nimettiin USA:n pelaajaluetteloon vuoden 2006 World Baseball Classic -turnaukseen, jossa hän löi ensimmäisenä pelaajana kunnarin USA:n joukkueen joukkueessa World Baseball Classic -turnauksessa.
Lee allekirjoitti 10. huhtikuuta 2006 viisivuotisen 65 miljoonan dollarin jatkosopimuksen Chicago-changin Cubsin kanssa. Sopimus korvasi hänen kauden 2006 sopimuksensa ja jatkoi häntä Cubsin ykköspesäpelaajana kauteen 2010 asti ja sisälsi vaihtokieltolausekkeen. Hän mursi ranteensa vajaat kaksi viikkoa myöhemmin törmäyksessä baserunner Rafael Furcalin kanssa, ja häneltä jäi loukkaantumisen vuoksi väliin 59 ottelua. Cubs pelasi 19-40 ottelua Leen ollessa työkyvyttömyyslistalla. Myöhemmin Lee palasi takaisin työkyvyttömyyslistalle ranteen mediaalipuolen ulomman luun posttraumaattisen tulehduksen vuoksi.
Vuonna 2008 Lee lyötiin 20 kunnaria, 90 RBI:tä ja hän oli .291 lyöntikeskiarvo, kun Cubsilla oli National Leaguen paras runkosarjaennätys ja hän johti Cubsin NL Centralin mestaruuteen, jonka jälkeen hän hävisi NLDS-ottelussa Los Angeles Dodgersille 3-0. Vuonna 2009 Lee voitti hitaan alun 21 ottelun lyöntiputkella 29. toukokuuta – 24. kesäkuuta ja sijoittui NL:n MVP-äänestyksessä yhdeksänneksi, kun hänen lyöntikeskiarvonsa oli 0,306, ja hän löi 35 kunnaria ja 111 RBI:tä.
Kesäkuun 9. päivänä 2010 Lee löi uransa 300. kunnarin ottelussa Milwaukee Brewersia vastaan.
Kesäkuun 25. päivänä 2010 Lee oli osallisena kiistassa Cubsin syöttäjän Carlos Zambranon kanssa sen jälkeen, kun syöttäjä luopui neljästä juoksusta ensimmäisessä vuoroparissa ja ilmeisesti syytti Leetä siitä, että hän ei pystynyt kentälle terävästi lyötyyn lyöntituplaan. Zambrano määrättiin käytöksestään pelikieltoon.
Atlanta BravesEdit
Heinäkuun lopulla 2010 Lee käytti kymppi- ja vitosoikeutensa veto-oikeuttaan kauppaan Los Angeles Angelsin kanssa. Elokuun 18. päivänä 2010 Lee kaupattiin hänen suostumuksellaan Atlanta Bravesiin alaikäisliigan syöttäjälupauksia Robinson Lopezia, Tyrelle Harrisia ja Jeffrey Lorickia vastaan. Lee aloitti Bravesin aloittavana ykköspelaajana 20. elokuuta 2010, mukaan lukien postseason-pelit NLDS:ssä.
Baltimore OriolesMuutos
Lee solmi vapaana olevasta agentista yksivuotisen sopimuksen Baltimore Oriolesin kanssa kaudeksi 2011. Hän pelasi 85 ottelua vaikeuksissa olleessa Oriolesissa lyöden 0,246 pistettä 12 kunnarilla ja 41 lyötyä juoksua.
Pittsburgh PiratesKorjaus
30. heinäkuuta 2011 Lee kaupattiin Piratesiin alemman A-luokan ykköspesäpelaaja Aaron Bakeria ja käteisvaroja vastaan. Lee löi kaksi kunnaria ensimmäisessä ottelussaan Piratesissa. Häneen osui syöttö ja häneltä murtui luu vasemmassa ranteessa 3. elokuuta, ja häneltä jäi suurin osa seuraavasta kuukaudesta väliin, mutta lopetti sitten kauden tuottavasti Pittsburghin ykköspesäpelaajana. Vuonna 2011 Lee pelasi 28 ottelua Piraateissa ja löi 0,337 pistettä 7 kunnarilla ja 18 RBI:llä.