1 Johdanto
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus ja Opisthorchis viverrini (heimoon Platyhelminthes; luokka Trematoda; Opisthorchiidae-heimo) ovat merkittäviä elintarvikkeiden välityksellä tarttuvia maksamatoja, jotka tartuttavat maailmanlaajuisesti noin 24 miljoonaa ihmistä ja aiheuttavat maailmanlaajuisesti yli 349 737 työkyvyttömyyskorjattua elinvuotta (Furst et al., 2012). Laajalle levinneenä maksaruttona C. sinensis infektoi vähintään 15 miljoonaa ihmistä pääasiassa Kiinassa, Vietnamissa, Koreassa ja Venäjän Kaukoidässä (Furst et al., 2012; Qian et al., 2016).
C. sinensis -infektio aiheuttaa klonorkiasista, joka on laiminlyöty trooppinen sairaus (Qian et al., 2016). C. sinensis -infektio johtaa usein kroonisiin hepatobiliaarisairauksiin, kuten maksan fibroosiin, ja voi aiheuttaa kolangiokarsinooman (CCA), joka on sappiteiden pahanlaatuinen syöpä. Näin ollen kansainvälinen syöväntutkimuslaitos on luokitellut C. sinensiksen luokan I syöpää aiheuttavaksi aineeksi (Choi ym., 2004, 2011; Grosse ym., 2009).
Tähän mennessä ei ole saatavilla rokotetta klonorkiasiksen ehkäisemiseksi, eikä ihmisillä ole resistenssiä uusintatartuntaa vastaan (Qian ym., 2016). Ainoan suositellun lääkkeen, pratsikvantelin (PZQ), toistuva käyttö lisää riskiä, että luteet kehittävät lääkeresistenssin (WHO, 2013). Klonorkiasiksen hallitsemiseksi paremmin on tutkittu loisen biologiaa ja epidemiologiaa ja keskitytty diagnosointiin ja hoitoon. C. sinensis -loisen molekyylibiologian syvällinen ymmärtäminen on nyt mahdollista, ja sitä tukee uusien transkriptomisten ja genomisten resurssien käyttö, jotka on tuotettu korkean läpimenon sekvensointitekniikoiden avulla (Huang ym., 2013; Wang ym., 2011; Yoo ym., 2011; Young ym., 2010). Kiinasta peräisin olevan C. sinensis -lajin genomi tarjoaa perustan tutkia molekulaarisia reittejä ja prosesseja tässä maksalierukassa. Esimerkiksi C. sinensis -lajin genomi koodaa koko joukon geenejä, joita tarvitaan isännän lipidien aineenvaihduntaan, mutta se ei sisällä rasvahappojen kanoniseen biosynteesiin liittyviä geenejä (Huang ym., 2013; Wang ym., 2011). Lisäksi tämä genomi koodaa suuren määrän erittäviä proteiineja (excretory-secretory proteins, ESPs), joista monien oletetaan osallistuvan isännän ja loisen välisiin vuorovaikutuksiin. Biologisesti merkityksellisten geenien/geenituotteiden toiminnoista tai geneettisen variaation tasoista C. sinensiksen eri maantieteellisten isolaattien välillä ei kuitenkaan ole yksityiskohtaista tietoa.
On oletettu, että C. sinensiksen yksi ydingenomi riittää edustamaan kaikkia tämän lajin maantieteellisesti erilaisia isolaatteja (Huang ym., 2013; Wang ym., 2011). Kuitenkin todisteet karyotyyppisestä vaihtelusta C. sinensiksen sisällä ja kryptisistä lajeista sukulaislajin opisthorchiidien, O. viverrini, sisällä (vrt. Petney ym., 2013) korostavat C. sinensiksen maantieteellisesti erillisten isolaattien genetiikan tutkimisen ja vertailun tärkeyttä. Aiemmat tutkimukset valituista geneettisistä lokuksista viittaavat siihen, että tämän loisen vaihteluun ovat vaikuttaneet useat tekijät, kuten elinkaari, ilmastonmuutos ja ympäristöön sopeutuminen (Chelomina ym., 2014; Tatonova ym., 2012, 2013). Esimerkiksi näyttää siltä, että C. sinensiksen mitokondriaalisen cox1-geenin alhainen nukleotidinen ja korkea haplotyyppinen vaihtelu liittyy jääkauden jälkeiseen nopeaan populaation laajenemiseen (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012). Tällainen johtopäätös edellyttää kuitenkin perusteellisia populaatiogenetiikan tutkimuksia.
Nyt on mahdollista tehdä tällaisia tutkimuksia koko genomin tasolla korkean läpimenon sekvensointitekniikoiden ja kehittyneen bioinformatiikan avulla. Tällaiset tutkimukset mahdollistaisivat C. sinensis -populaatioiden geneettisten rakenteiden ja alarakenteiden sekä infektioon ja/tai sopeutumisprosesseihin osallistuvien geenien/geenituotteiden vaihtelun tutkimisen. Tämän luvun tarkoituksena on tarjota taustatietoa C. sinensis/klonorkiasiksen biologiasta, epidemiologiasta, patogeneesistä, diagnosoinnista ja torjunnasta, tarkastella kriittisesti nykyistä tietämystä C. sinensis -loisen genetiikasta, molekyylibiologiasta ja genomitiikasta sekä tuoda esiin uusia sekvensointitekniikoita sekä genomityökaluja ja -resursseja, joita voidaan nyt käyttää tämän tärkeän loisen tulevissa geneettisissä tutkimuksissa.