Ammonifikation ist der Prozess, durch den der organisch gebundene Stickstoff von mikrobieller, pflanzlicher und tierischer Biomasse nach deren Tod wiederverwertet wird. Die Ammonifikation wird von einer Vielzahl von Mikroorganismen durchgeführt, die ökologische Zerfallsleistungen erbringen, und ihr Produkt ist Ammoniak oder Ammoniumionen. Ammonium ist eine geeignete Nahrungsquelle für viele Pflanzenarten, insbesondere für solche, die in sauren Böden leben. Die meisten Pflanzen können Ammonium jedoch nicht wirksam verwerten und benötigen Nitrat als wesentliche Stickstoffquelle.
Nitrat wird durch einen wichtigen bakteriellen Prozess, die Nitrifikation, aus Ammonium synthetisiert. Der erste Schritt der Nitrifikation ist die Oxidation von Ammonium zu Nitrit (NO- 2 ), eine Funktion, die von Bakterien der Gattung Nitrosomonas ausgeführt wird. Das gebildete Nitrit wird von Bakterien der Gattung Nitrobacter schnell weiter zu Nitrat oxidiert. Die für die Nitrifikation verantwortlichen Bakterien reagieren sehr empfindlich auf Säure, so dass dieser Prozess in saurem Boden oder Wasser nicht in nennenswertem Umfang stattfindet. Dies ist der Grund, warum Pflanzen in sauren Lebensräumen in der Lage sein müssen, Ammonium als Stickstoffquelle zu nutzen.