In den 1550er Jahren hatten die Spanier den größten Teil der einheimischen Bevölkerung Kubas ausgerottet, die bis dahin ihre Hauptquelle für versklavte Arbeitskräfte gewesen war. Um diese Zeit wurde die Sklaverei von Menschen afrikanischer Herkunft eingeführt, um den Arbeitskräftemangel auszugleichen.“
Im Kuba der Vor-Plantagenzeit lebten viele versklavte Menschen in Havanna, der wichtigsten Hafenstadt der Insel. Sie versorgten die Garnisonen der Flotten von Nueva España und Tierra Firme, die jährlich im Hafen einliefen. In den 1500er und 1600er Jahren machten die Sklaven einen großen Teil des Dienstleistungssektors der städtischen Wirtschaft aus und waren auch in zahlreichen Handwerksberufen in Havanna tätig. Der europäisch-kubanische Historiker José Martín Félix de Arrate y Acosta erinnerte 1761 daran, dass „negros und pardos“ „sehr fähig und fähig waren, sich zu bewerben und angesehene Meister zu werden, nicht nur in den niedrigsten Berufen wie Schuhmacher, Schneider, Maurer und Tischler, sondern auch in den Berufen, die mehr Können und Genie erfordern, wie das Silberschmiedehandwerk, die Bildhauerei, die Malerei und die Schnitzerei, wie man an ihren wunderbaren Werken sehen kann.“ Einige versklavte Havaneser arbeiteten nach einem marktwirtschaftlichen System, in dem die versklavte Person die Verantwortung hatte, sich selbst eine Arbeit und einen Arbeitgeber zu suchen und dann einen Teil ihres Verdienstes an ihren Besitzer abzutreten.
Die versklavte Bevölkerung in Kuba lernte die harten Bedingungen der Plantagenwirtschaft erst nach den 1770er Jahren kennen, als sich die internationale Plantagenwirtschaft nach Westkuba ausgebreitet hatte. Im Jahr 1740 wurde die Havanna Company gegründet, um die Zuckerindustrie durch die Förderung des Sklavenimports in die Kolonie anzukurbeln, auch wenn dieser Versuch zunächst scheiterte. Doch 1762 eroberte das britische Empire unter der Führung des Earl of Albemarle Havanna während des Siebenjährigen Krieges mit Spanien. Während der einjährigen Besetzung Havannas und der umliegenden Regionen bauten die Briten das Plantagensystem auf der Insel aus und importierten 4.000 Sklaven aus ihren anderen Besitzungen in Westindien, um die neuen Plantagen zu besiedeln. Diese 4.000 Sklaven machten fast 10 % aller in den vorangegangenen 250 Jahren auf die Insel importierten Sklaven aus. Spanien erlangte 1763 die Kontrolle über die von den Briten gehaltenen Gebiete Kubas zurück, indem es Florida im Gegenzug an die Briten abtrat.
Die Briten hatten auch 90 Sklaven freigelassen, die während der Invasion auf ihrer Seite gestanden hatten, als Anerkennung für ihren Beitrag zur spanischen Niederlage. Angesichts ihrer Rolle im Siebenjährigen Krieg erkannte der spanische Kolonialbeamte Julián de Arriaga, dass die Versklavten sich fremden Nationen anschließen konnten, die ihnen die Freiheit anboten. Er begann daher mit der Ausgabe von Cartas de Libertad und emanzipierte etwa zwei Dutzend Sklaven, die Havanna gegen die Briten verteidigt hatten. Die spanische Krone steigerte die Einfuhr von Sklaven, um sich die Loyalität der europäisch-kubanischen Pflanzer zu sichern und die Einnahmen aus dem lukrativen Zuckerhandel zu erhöhen, da die Ernte zu dieser Zeit in Europa sehr gefragt war.
Im Jahr 1792 begannen Sklaven aus der französischen Kolonie Saint-Domingue eine Revolution auf der nahe gelegenen Insel Hispaniola. 1803 kamen Schiffe mit weißen europäischen und freien farbigen Flüchtlingen aus Saint-Domingue in Kuba an. Obwohl alle Passagiere an Bord nach französischem Recht seit Jahren rechtlich frei waren und viele der gemischtrassigen Menschen frei geboren worden waren, stuften die Kubaner bei ihrer Ankunft diejenigen, die auch nur teilweise afrikanischer Abstammung waren, als Sklaven ein. Den weißen Passagieren wurde die Einreise nach Kuba gestattet, während die afrikanischen und mulattischen Passagiere auf den Schiffen zurückgehalten wurden. Einige der weißen Passagiere hatten zudem einige der schwarzen Passagiere während der Reise als Sklaven beansprucht. Die Frauen afrikanischer Abstammung und ihre Kinder waren besonders gefährdet, in die Sklaverei gepresst zu werden.
Santiago de Cuba erwies sich langfristig als empfänglicher Landeplatz für Männer und Frauen, die hofften, die sozialen Beziehungen der Sklaverei wiederherstellen zu können, und für ihr Projekt, andere unter den Flüchtlingen als Sklaven neu zu definieren. Santiago, das seit 1789 als Ankunftshafen für den transatlantischen Handel mit afrikanischen Gefangenen zugelassen war, bediente ein expandierendes Hinterland mit Zucker- und Kaffeeplantagen. Regelmäßig trafen Schiffe von der Westküste Afrikas ein und brachten gefesselte Arbeitskräfte in die städtische und ländliche Wirtschaft. Männer und Frauen aus Saint-Domingue, die sowohl finanzielle Mittel als auch die Gewohnheit des Kommandierens mitbrachten, konnten überzeugend darlegen, dass sie – und ihre „Sklaven“ – für einen sich entwickelnden Agrarexportsektor von Wert waren. Diejenigen, die über bescheidenere Mittel verfügten, darunter Männer und Frauen, die als mulatos oder mulatas libres bezeichnet wurden, konnten einfach darauf verweisen, dass sie die Arbeitskraft von ein oder zwei Sklaven benötigten, um der kubanischen Regierung nicht zur Last zu fallen.
Die Haitianer erlangten schließlich 1804 ihre Unabhängigkeit. Sie riefen die neue Republik Haiti aus, die damit die zweite Republik in der westlichen Hemisphäre und die erste war, die von ehemals versklavten Menschen gegründet wurde. Die kubanischen Sklavenhalter verfolgten diese Ereignisse aufmerksam, trösteten sich aber damit, dass die Rebellion das Ergebnis der radikalen Politik der Französischen Revolution war, in deren Verlauf die französische Regierung die Sklaverei in den Kolonien abgeschafft hatte, bevor sie sie kurz darauf wieder einführen wollte. Während die neuen Freigelassenen in Haiti kleine Subsistenzfarmen gründeten, eroberten die kubanischen Pflanzer einen Großteil des Zuckermarktes, der zuvor von den großen Plantagen in Saint-Domingue gehalten wurde. Mit der zunehmenden Dominanz des Zuckers in der kubanischen Wirtschaft weiteten die Pflanzer die Einfuhr von versklavten Menschen aus Afrika stark aus. So kamen zwischen 1791 und 1805 91.211 Sklaven über Havanna auf die Insel“.
Zu Beginn des 19. Jahrhunderts verfolgten die kubanischen Pflanzer, die fast ausschließlich von ausländischen Sklavenhändlern abhängig waren, aufmerksam die Debatten über die Abschaffung der Sklaverei in Großbritannien und den gerade unabhängig gewordenen Vereinigten Staaten. Im Jahr 1807 verboten sowohl Großbritannien als auch die Vereinigten Staaten den atlantischen Sklavenhandel, wobei das britische Verbot 1807 und das amerikanische 1808 in Kraft traten. Anders als im übrigen Amerika bildete die europäischstämmige kubanische Elite des 19. Jahrhunderts keine antikoloniale Bewegung. Sie befürchteten, dass ein solches Vorgehen die versklavten Kubaner zur Revolte ermutigen würde. Die kubanischen Eliten baten die spanische Krone, eine unabhängige kubanische Sklavenhandelsgesellschaft zu gründen, und Schmuggler brachten weiterhin Sklaven auf die Insel, wenn sie die britischen und amerikanischen Anti-Sklaverei-Patrouillen in Westafrika umgehen konnten.
Im März 1812 brach auf den Plantagen Kubas eine Reihe von Aufständen unter der Führung des Freigelassenen José Antonio Aponte aus. Nachdem die Aufstände von den örtlichen, von der Regierung bewaffneten Milizen niedergeschlagen worden waren, wurden Hunderte von Sklaven verhaftet und viele der Anführer vor Gericht gestellt und hingerichtet.
Ab 1817 bemühten sich Großbritannien und Spanien gemeinsam um eine Reform ihrer diplomatischen Beziehungen und verhandelten über den rechtlichen Status des atlantischen Sklavenhandels. In einem anglo-spanischen Vertrag von 1817 stimmte Spanien formell zu, den Sklavenhandel nördlich des Äquators sofort zu beenden und die Durchsetzung gegen illegale Sklavenschiffe zu erweitern. Doch wie aus den legalen Handelsdokumenten jener Zeit hervorgeht, wurden 372.449 versklavte Menschen nach Kuba importiert, bevor der Sklavenhandel legal beendet wurde, und mindestens 123.775 wurden zwischen 1821 und 1853 eingeführt.
Auch als der Sklavenhandel in anderen Teilen des Atlantiks aufhörte, wurde der kubanische Sklavenhandel bis 1867 fortgesetzt. Der Besitz von Menschen als „chattel slaves“ blieb in Kuba bis 1880 legal. Der Sklavenhandel in Kuba wurde erst dann systematisch beendet, als die kubanische Sklaverei durch ein königliches Dekret im Jahr 1886 abgeschafft wurde. Damit war Kuba eines der letzten Länder der westlichen Hemisphäre (vor Brasilien), das die Sklaverei formell abschaffte.