Die Insel war von den Taino (Arawakan sprechend) bewohnt, als Christoph Kolumbus sie 1493 erstmals sah. Der erste von den Spaniern eingesetzte Gouverneur nannte die Insel „Puerto Rico“, was „reicher Hafen“ bedeutet. Puerto Rico blieb mehr als 400 Jahre lang eine spanische Kolonie, bis zum SPANISCH-AMERIKANISCHEN KRIEG, der mit der Unterzeichnung des PARIS-VERTRAGS zwischen Spanien und den Vereinigten Staaten am 10. Dezember 1898 endete. Der ein Jahr später vom US-Senat ratifizierte Vertrag verpflichtete Spanien, die Souveränität über Puerto Rico als Friedensbedingung an die Vereinigten Staaten abzutreten.
Die Bundesverfassung verleiht dem Kongress weitreichende Befugnisse zur Verwaltung der US-Territorien. U.S.C.A. Const. Art. IV, s. 3, cl. 2. Der Kongress übte diese Befugnisse in Puerto Rico zunächst durch die Einrichtung einer Militärregierung aus, die bis zum April 1900 bestand, als er den Foraker Act, 31 Stat. 77, verabschiedete. Das Foraker-Gesetz erklärte, dass die Einwohner von Puerto Rico „Anspruch auf den Schutz der Vereinigten Staaten“ hätten, und setzte die erste Zivilregierung auf der Insel ein.
Das Gesetz ermächtigte den Präsidenten der Vereinigten Staaten, mit dem Rat und der Zustimmung des Senats den Gouverneur von Puerto Rico, die obersten Exekutivbeamten und die Richter des Obersten Gerichts von Puerto Rico zu ernennen. Das Gesetz schuf auch die Legislative von Puerto Rico und ermächtigte ihre vom Volk gewählten Vertreter zur Ausübung lokaler Gesetzgebungsbefugnisse, die in allen Fällen dem VETO des Kongresses unterlagen. Im Rahmen des Gesetzes erhielt Puerto Rico das Recht, einen „resident commissioner“ zu wählen, der die Insel vor dem US-Repräsentantenhaus vertritt. Jahrhundert weiterbesteht, hat das Recht, vor dem Repräsentantenhaus zu sprechen und Gesetze einzubringen, hat aber kein Stimmrecht, außer in Ausschüssen.
Der Foraker Act richtete ein US-Bezirksgericht für den Bezirk Puerto Rico ein und gab dem Präsidenten die Befugnis, den vorsitzenden Richter zu ernennen, wiederum mit dem Rat und der Zustimmung des Senats. Im Jahr 1915 ordnete der Kongress den Distrikt Puerto Rico dem US-Berufungsgericht für den First Circuit zu und legte fest, dass Berufungen vom Bundesbezirksgericht von Puerto Rico an den First Circuit gerichtet werden. Seit 2003 reisen die Richter des Ersten Bundesberufungsgerichts immer noch zweimal im Jahr nach Puerto Rico, um Berufungsanträge zu verhandeln.
Im Jahr 1917 verabschiedete der Kongress den JONES ACT, der allen Einwohnern Puerto Ricos die US-Staatsbürgerschaft verlieh. 39 Stat. 951, 48 U.S.C.A. section 731. Der Jones Act, der auch als „Organic Act“ bekannt ist, sollte Puerto Rico von den Philippinen und Hawaii unterscheiden. Die Philippinen waren bereits auf dem Weg in die Unabhängigkeit, während Hawaii auf dem Weg in die Eigenstaatlichkeit war. Mit dem Jones Act entschied sich der Kongress für einen dritten, weniger klar definierten Status für Puerto Rico als „nicht inkorporiertes Territorium“ der Vereinigten Staaten, was bedeutet, dass die Vorteile und der Schutz, die die US-Verfassung bietet, nicht in vollem Umfang auf Puerto Rico anwendbar sind. Keines der derzeitigen US-Territorien, einschließlich Puerto Rico, wurde Mitte 2003 als inkorporiert betrachtet.