Die religiöse Zugehörigkeit in Nigeria hängt stark mit der ethnischen Zugehörigkeit zusammen, wobei die regionalen Unterteilungen zwischen den ethnischen Gruppen recht deutlich sind. Die nördlichen Bundesstaaten, die von den Hausa- und Fulani-Gruppen dominiert werden, sind überwiegend muslimisch, während die südlichen ethnischen Gruppen eine große Anzahl von Christen haben. Im Südwesten gibt es keine vorherrschende Religion. Die Yoruba, die im Südwesten die Mehrheit stellen, praktizieren das Christentum, den Islam und/oder die traditionelle Yoruba-Religion, die sich auf den Glauben an einen obersten Gott und mehrere kleinere Gottheiten konzentriert.
Statistiken zufolge sind etwa 50 % der Bevölkerung Muslime, wobei die Mehrheit den sunnitischen Zweig des Glaubens praktiziert. Etwa 40 % sind Christen und etwa 10 % praktizieren traditionelle afrikanische Religionen oder gar keine Religion. Viele Menschen
nehmen Elemente des traditionellen Glaubens in ihre eigene Praxis des Christentums oder des Islam auf. Die christliche Gemeinschaft besteht aus römischen Katholiken (die größte Konfession), Methodisten, Anglikanern, Baptisten, Presbyterianern und Mitgliedern von evangelikalen und Pfingstgruppen.
Obwohl die Verfassung den staatlichen und lokalen Regierungen verbietet, eine offizielle Religion zu erklären, haben eine Reihe von Staaten in letzter Zeit verschiedene Formen des islamischen Straf- und Zivilrechts, das als Scharia bekannt ist, übernommen, ein Schritt, den viele Christen als Übernahme des Islam als De-facto-Religion betrachten. Die Verfassung sieht auch Religionsfreiheit vor, doch haben einige Staaten religiöse Demonstrationen, Prozessionen oder Versammlungen aus Gründen der öffentlichen Sicherheit eingeschränkt. Es ist bekannt, dass Geschäftsinhaber und Beamte bei der Erbringung von Dienstleistungen und bei der Einstellung von Mitarbeitern Personen diskriminieren, die einem anderen Glauben als dem eigenen angehören. Die gleiche Art von Diskriminierung gibt es auch zwischen Angehörigen verschiedener ethnischer Gruppen. Bestimmte christliche und muslimische Feiertage werden offiziell eingehalten.
Es gibt ein hohes Maß an Spannungen zwischen Christen und Muslimen, und es kommt immer wieder zu Gewalt gegen beide Gruppen. Die Konflikte könnten jedoch in erster Linie auf ethnische und regionale Unterschiede zurückzuführen sein, da es eine Reihe von Berichten über Gewalt zwischen verschiedenen ethnischen Gruppen derselben Religion gibt.