In den letzten Jahren wurden zahlreiche LGBT-Personen ermordet, wobei einige die Schuld für diese Taten den Politikern und der religiösen Gemeinschaft zuschieben.
Die zerstückelte Leiche des 19-jährigen College-Studenten Jorge Steven López Mercado wurde am 14. November 2009 in Cayey, einer Stadt im Inselinneren, entdeckt. López war weithin als ehrenamtlicher Mitarbeiter von Organisationen bekannt, die sich für die Rechte von Homosexuellen und die HIV-Prävention einsetzten, und Aktivisten planten Mahnwachen für ihn in Städten wie San Juan, Chicago und New York. Nach Angaben der örtlichen Polizei wird der Mord als mögliches Hassverbrechen im Rahmen des kürzlich verabschiedeten US-Bundesgesetzes über Hassverbrechen untersucht, das auch Verbrechen gegen Menschen einschließt, die homosexuell oder transsexuell sind (oder als solche wahrgenommen werden). Juan A. Martinez Matos wurde einige Tage nach der Entdeckung der Leiche von López Mercado verhaftet. Am 12. Mai 2010 bekannte sich Martinez Matos schuldig und wurde wegen Mordes an López Mercado zu 99 Jahren Gefängnis verurteilt.
Am 19. April 2010 wurde die Leiche von Ashley Santiago, einer Transgender-Frau, die in der Stadt Corozal wohnte, in der Küche ihres Hauses entdeckt. Santiago, eine Friseurin in einem örtlichen Salon, lag nackt auf dem Boden und wurde von einem unbekannten Angreifer 14 Mal erstochen.
Am 13. September 2010 wurden die Leichen von Justo Luis „Michelle“ Gonzalez und Miguel Orlando „La Flaca“ Soto, zwei Transsexuellen, ermordet an einer Straße in der Kleinstadt Juana Diaz gefunden. Mit diesen beiden Todesfällen haben LGBT-Aktivisten auf der Insel festgestellt, dass in den letzten zehn Monaten neun schwule und transsexuelle Menschen auf der Insel getötet wurden und die lokalen Behörden nicht angemessen auf diese Verbrechen reagiert haben. Im Oktober 2012 wurde Malena Suarez, eine in Carolina lebende Transgender-Frau, nach mehreren Messerstichen tot in ihrem Haus aufgefunden. Ihr Tod war der 30. Anti-LGBT-Mord in Puerto Rico innerhalb eines Jahrzehnts.