Marion Sinclair starb 1988, so dass das Lied nach australischem Urheberrecht immer noch unter Copyright steht. Die Verlagsrechte liegen bei Larrikin Music. In den Vereinigten Staaten werden die Rechte von der Music Sales Corporation in New York City verwaltet.
Im Juni 2009 verklagte Larrikin Music die Band Men at Work wegen Urheberrechtsverletzung und behauptete, dass ein Teil des Flötenriffs der 1981er Single „Down Under“ der Band von „Kookaburra“ kopiert wurde. Diese Klage folgte auf eine Folge von Spicks and Specks, in der diese Verwendung die Grundlage für eine Panel-Frage bildete. Die Anwälte der Plattenfirma und des Verlags der Band (Sony BMG Music Entertainment und EMI Songs Australia) machten geltend, dass das Urheberrecht aufgrund der Vereinbarung, in deren Rahmen der Song geschrieben wurde, eigentlich bei der Girl Guides Association liege. Am 30. Juli 2009 fällte Richter Peter Jacobson vom australischen Bundesgericht eine vorläufige Entscheidung, dass Larrikin das Urheberrecht an dem Lied besitzt, aber die Frage, ob die Songschreiber Colin Hay und Ron Strykert das Riff plagiiert haben oder nicht, würde zu einem späteren Zeitpunkt entschieden werden. Am 4. Februar 2010 verkündete Richter Jacobson sein Urteil, dass Men at Work das Urheberrecht von Larrikin verletzt hatte und dass beide dem Gericht vorgelegten Aufnahmen „… einen wesentlichen Teil von Kookaburra wiedergeben“. Larrikin beantragte daraufhin beim Gericht, zwischen 40 und 60 Prozent der Tantiemen für den Song rückwirkend bis 1981 zu erhalten, doch am 6. Juli 2010 sprach Richter Jacobson dem Unternehmen 5 Prozent der Tantiemen rückwirkend bis 2002 zu – vermutlich eine sechsstellige Summe.
Am 31. März 2011 wurde eine Berufung der Plattenfirma EMI von den Richtern Arthur Emmett, Jayne Jagot und John Nicholas abgewiesen, die zu dem Schluss kamen, dass eine Verletzung des Urheberrechts an dem Lied „Kookaburra Sits in the Old Gum Tree“ vorlag. Einer der Songschreiber der Band, Colin Hay, sagte anschließend, das Ergebnis sei enttäuschend und sie würden ihre Position nach einer genaueren Prüfung des Urteils überdenken. Im Oktober 2011 verlor die Band ihr letztes Gerichtsverfahren, als der High Court of Australia es ablehnte, eine Berufung anzuhören.