Käsekristalle sind weißliche, halbfeste bis feste, leicht knusprige bis körnige kristalline Flecken, Körnchen und Aggregate, die sich auf der Oberfläche und im Inneren von Käse bilden können. Käsekristalle sind charakteristisch für viele lang gereifte Hartkäsesorten.
Zu den Hartkäsesorten, bei denen Käsekristalle üblich sind und geschätzt werden, gehören Comté, gereifter Cheddar, Grana-Käse wie Parmesan, Grana Padano und Pecorino Romano sowie alter Gouda. Bei einigen Käsesorten, wie z. B. industriellem Cheddar, gelten sie jedoch als Produktionsfehler.
Käsekristalle können aus verschiedenen Substanzen bestehen. Am häufigsten findet man Kalziumlaktatkristalle, vor allem bei jüngerem Käse, auf der Oberfläche und bei Cheddar. Je nach Käse und Alter können diese Kristalle aus einem oder beiden Enantiomeren bestehen. Bei Grana Padano wurden körnige Aminosäurekristalle im Inneren des Käses festgestellt, die hauptsächlich aus Tyrosin sowie aus Leucin und Isoleucin bestehen. Generell kann jede Substanz, die eine geringe Wasserlöslichkeit aufweist und zur Kristallisation neigt, beim Austrocknen des Käses während der Reifung Kristalle bilden.