Das Musikvideo zu Judith wurde von David Fincher gedreht, dem Regisseur von Fight Club, Se7en und Musikvideos für Aerosmith, Madonna und The Wallflowers. Das Video zeigt die Band bei einem Auftritt in einem großen, leeren Studio, wobei viele von Finchers typischen filmischen Tricks zum Einsatz kommen: dunkle, rauchige Beleuchtung, Verdunkelung von Gesichtern, umfangreiche Filmkorrekturen und Bildmanipulationen. In dem Video sind alle Mitglieder bei der Ausübung ihrer Instrumente zu sehen. Am Ende des ersten Refrains und zu Beginn der zweiten Strophe, in der der Bass ausfällt und nur Schlagzeug und Leadgitarre zu hören sind, sieht man die Bassistin Paz Lenchantin, wie sie ihr Haar zu einem Dutt bindet. Während der Dreharbeiten konnte sie dies jedoch nicht schnell genug in Echtzeit tun, so dass der Abschnitt für die Filmaufnahmen leicht beschleunigt wurde, um den Platz innerhalb des Songs auszunutzen. In einem Interview mit Sook-Yin Lee, einem ehemaligen MuchMusic-VJ, verriet Howerdel, dass die Band ursprünglich eine Storyline für das Video geplant hatte, dies aber aus Zeitgründen nicht umsetzen konnte.