Im Jahr 1995 geriet FACTNet in die Schlagzeilen, weil das Religious Technology Center (RTC), eine Unterorganisation der Scientology-Kirche, die den Schutz ihrer Marken und Urheberrechte überwachen soll, die Server und Dateien von FACTNet beschlagnahmt hatte. Im August 1995 wandten sich die Anwälte des RTC an einen Richter in Denver und beschuldigten FACTNet, das die Praktiken der Organisation heftig kritisiert, der Verletzung von Urheberrechten und der illegalen Nutzung von Scientology-Dokumenten. Am 21. August 1995 führten zwei US-Marshals und sechs RTC-Vertreter eine Razzia in den Wohnungen zweier Direktoren durch, wobei die eigentliche Suche nach belastenden Dokumenten allein von der RTC durchgeführt wurde. Zeugen der Durchsuchungen sagten aus, dass die Marshals den RTC-Vertretern erlaubten, bei ihrer Suche nach Informationen weit über den Rahmen der Anordnung hinauszugehen. Die Marshals unterließen es auch, die Vertreter vor oder nach der Durchsuchung zu durchsuchen, so dass diese Disketten und andere Dokumente mit wichtigen Informationen mitnehmen konnten. FACTNet warf der Scientology-Kirche sofort vor, sie versuche, ihre Stimme zum Schweigen zu bringen, indem sie Informationen stiehlt und verunreinigt, die für ihre fortgesetzten Angriffe und Klagen gegen die Kirche wichtig sind. Die Razzien lösten sowohl im Internet als auch im universitären Umfeld eine Debatte aus, bei der Demonstranten an der Universität in Denver, Colorado, Schilder mit den Worten „Hände weg vom Internet“ und „Scientology schikaniert Kritiker“, während die Gegendemonstranten am Boulder County Courthouse Schilder wie diese trugen: „
FACTNet reichte Klage ein, und am 14. September 1995 entschied ein Bundesrichter, dass die Beschlagnahme rechtswidrig sei, weil sie das Recht von FACTNet auf freie Meinungsäußerung im Internet verletze, und wies das RTC an, alle beschlagnahmten Computer und Dateien zurückzugeben. In seiner Entscheidung vor dem United States District Court erklärte Richter John Kane: „Dem öffentlichen Interesse ist am besten durch den freien Austausch von Ideen gedient“. Dennoch sei FACTNet ein irreparabler Schaden entstanden, da die Geheimhaltung seiner Dokumente durch die RTC verletzt worden sei. Ein Anwalt der Electronic Frontier Foundation begrüßte die Entscheidung des Richters in dieser Angelegenheit: „Sie haben sicherlich nicht das Recht, alles zu beschlagnahmen und herumzufischen. Es scheint die Vorstellung zu geben, dass Dinge, die auf einem Computer gespeichert sind, nicht dem gleichen Schutz unterliegen. Ich denke, das Gesetz holt auf“. Helena K. Kobrin, eine Anwältin der Scientology-Kirche in der Kanzlei Moxon & Kobrin, verteidigte die Beschlagnahmung der Computer und sagte nach der Entscheidung des Richters: „Die gestrige Entscheidung war ein sehr trauriger Tag für die Eigentümer von geistigem Eigentum und ein sehr trauriger Tag für das Internet.“
In einer Reihe von Fällen verklagte Scientology (über die Tochtergesellschaft Bridge Publications) FACTNet wegen angeblicher Urheberrechtsverletzungen. Im Jahr 1998 lehnte Bundesrichter John Kane den Antrag von Scientology auf ein Urteil im Schnellverfahren ab, weil FACTNet das Eigentum von Scientology an den Urheberrechten an den Dokumenten bestritt. Später wurde 1999 ein Vergleich geschlossen, der vorsah, dass FACTNet, sollte es jemals der Verletzung von Urheberrechten der Kirche für schuldig befunden werden, dauerhaft dazu verpflichtet wird, der Kirche 1 Million Dollar zu zahlen.
FACTNet hat seit 1999 ein relativ niedriges Nachrichtenprofil beibehalten und wird gelegentlich zitiert, wenn es sich gegen Themen ausspricht, die es für wichtig hält. Der Film Battlefield Earth aus dem Jahr 2000 mit John Travolta in der Hauptrolle löste eine Kontroverse aus, weil er auf einem Buch von L. R. Hubbard, dem Gründer der Scientology-Kirche, basierte und Travolta ein bekannter Scientologe war. Der Guardian berichtete über die Behauptungen von FACTnet, der Film sei ein Proselytenmacherstück für Scientology: „FACTnet behauptete, dass unterschwellige Botschaften von Scientologen geschickt eingefügt wurden, um neue Konvertiten für die Kirche zu gewinnen“. Die Macher des Films beteuerten, dass der Film nichts mit der Scientology-Kirche zu tun habe, aber die New York Times berichtete über die Behauptungen von FACTnet, dass: „…der Film heimlich von Scientology finanziert wurde, und dass Scientology Rekrutierungsmaßnahmen plant, die mit der Veröffentlichung des Films zusammenfallen.“ Der Soziologieprofessor James Richardson stimmte den Behauptungen von FACTnet nicht zu und erklärte: „Ich bezweifle ernsthaft, dass jemand Scientology beitritt, nur weil er diesen Film sieht“. Im Jahr 2002, nachdem Lawrence Wollersheim ein Urteil in Höhe von 8,7 Millionen US-Dollar gegen die Scientology-Kirche erwirkt hatte, veröffentlichte FACTnet eine Erklärung von ihm auf der Website, aus der er zitierte: „Die Sekte, die geschworen hat, mir niemals auch nur einen Cent zu zahlen, hat nun über 86 Millionen Cent gezahlt.“ FACTNet unterstützte eine Folge der Fernsehsendung South Park und zeichnete seine Mitarbeiter für die satirische Folge über Scientology, „Trapped in the Closet“, als „FACTNet Person(en) des Jahres 2005“ aus. 2006 wurde FACTnet-Direktor Wollersheim für die 48 Hours-Reportage über den Tod der Scientologin Elli Perkins, „Scientology – eine Glaubensfrage“, konsultiert. Wollersheim wurde in dem Beitrag mit den Worten zitiert: „Scientology. Sie ist das schlimmste Beispiel für Gedankenkontrolle in einem religiösen Umfeld, das es je gegeben hat“. In der Sendung wurde auch erwähnt, dass die Scientology-Kirche ihn als „Lügner und Betrüger“ bezeichnet und behauptet, dass die meisten ihrer Mitglieder ein glückliches und erfülltes Leben führen.