Eleanor und Park spielt in Omaha, Nebraska, im Laufe des Schuljahres vom Herbst 1986 bis zum Sommer 1987. Das Buch ist in der dritten Person geschrieben, und die Erzählung wechselt zwischen der Perspektive von Eleanor und der von Park. Eleanor Douglas ist eine Zehntklässlerin, die gerade auf eine neue High School gewechselt hat. Eleanor hebt sich durch ihr Äußeres von den anderen Schülern ab, denn sie ist „groß und unbeholfen“, hat lockiges rotes Haar und trägt Männerkleidung mit ungewöhnlichen Accessoires. Keiner will ihr im Bus Platz machen, aber Park lässt sie schließlich neben sich sitzen. Eleanor ist äußerst intelligent und aufgeweckt, vor allem im Englischunterricht ist sie hervorragend. Ihr Leben zu Hause ist jedoch von großen Problemen geprägt. Eleanor, ihre Mutter, ihr missbräuchlicher und alkoholabhängiger Stiefvater Richie und ihre vier jüngeren Geschwister leben in Armut. Alle Kinder müssen sich ein Zimmer teilen, und sie können sich kein Telefon leisten. Eleanor ist gerade in ihr Haus zurückgekehrt, nachdem ihr böser Stiefvater Richie sie für ein Jahr aus dem Haus geworfen hat. Richie terrorisiert die ganze Familie. Eleanors Mutter will Frieden stiften und so tun, als sei alles in Ordnung, obwohl Richie gewalttätig ist und sie misshandelt. Eleanor fühlt sich zu Hause nicht sicher.
Der Zehntklässler Park Sheridan fühlt sich ebenfalls als Außenseiter, obwohl er im Gegensatz zu Eleanor von den anderen Kindern nicht wirklich gehänselt wird. Obwohl er sein ganzes Leben lang in Omaha gelebt hat, fühlt er sich den anderen Schülern in der Schule nicht besonders verbunden. Er ist asiatischer Amerikaner, was in Omaha sehr selten ist, und er mag Musik und Comics. Das Leben von Park ist viel angenehmer als das von Eleanor, denn seine Eltern haben eine liebevolle Beziehung und führen einen komfortablen Lebensstil. Dennoch gibt es zu Hause Spannungen, denn sein Vater möchte, dass er männlicher wird, und Park hat immer das Gefühl, ihn zu enttäuschen
Als Eleanor sich neben Park in den Bus setzt, sind beide mürrisch und ärgern sich über die Situation, vor allem, weil sie beide den unausgesprochenen sozialen Code kennen, dass man, wenn man sich einen Sitzplatz im Bus ausgesucht hat, für das ganze Jahr an diesen gebunden ist. Das ändert sich jedoch bald radikal. Eleanor und Park beginnen im Laufe ihrer Busfahrten langsam eine Beziehung aufzubauen. Zunächst bauen sie ihre Beziehung im Stillen auf, indem sie gemeinsam Musik hören und Comics lesen. Schließlich wächst ihre Beziehung, sie fangen an zu reden, und ihre Busfahrten werden zu den schönsten Momenten ihrer Tage. Als sie schließlich Händchen halten, sprühen die Funken. Park und Eleanor verlieben sich ineinander. Park sagt Eleanor, dass er sie liebt, und Eleanor drückt ihre Zuneigung auf vielerlei Weise aus, aber sie sagt nie, dass sie ihn auch liebt.
Auch wenn die Beziehung von Eleanor und Park aufblüht, läuft es in anderen Bereichen ihres Lebens nicht so gut. Eleanor wird in der Schule schikaniert, vor allem in der Umkleidekabine der Turnhalle, wo die anderen Mädchen ihren Spind mit Damenbinden bedecken und ihre Kleidung in der Toilette runterspülen. Park verprügelt Steve, einen Tyrannen, weil er Eleanor verspottet hat. Auch Eleanors Leben zu Hause wird immer schlimmer. Als Eleanor eines Nachts Schüsse hört, ruft sie die Polizei, was Richie noch wütender macht.
Park und Eleanor zeigen beide eine gewisse Bandbreite an Geschlechtsausdruck. Eleanor trägt gerne Krawatten und Hemden von Männern. Parks Mutter fällt es anfangs schwer, Eleanor zu akzeptieren, denn Eleanor schert sich nicht um traditionell weibliche Schönheitsstandards. Aber als Parks Mutter erkennt, welche Schwierigkeiten Eleanor durchgemacht hat, kann sie sich in sie hineinversetzen und sieht, dass Eleanor gut für Park ist. Park entdeckt, dass er gerne Eyeliner trägt, was seinen Vater wütend macht, denn er möchte, dass er traditionell männlicher ist. Doch als Park sich für Eleanor einsetzt und selbstbewusst auftritt, akzeptiert sein Vater Park schließlich so, wie er ist.
Der Höhepunkt der Geschichte kommt, als Eleanor eines Abends nach Hause kommt, kurz nachdem sie und Park sich geküsst haben, und feststellt, dass Richie ihre Kiste mit ihren privaten Besitztümern zerstört hat, darunter Mixtapes, die Park ihr gemacht hatte, und Make-up von Parks Mutter. Richie hinterlässt Eleanor eine Drohbotschaft, woraufhin Eleanor erkennt, dass Richie derjenige war, der in diesem Jahr überall in ihren Schulbüchern anzügliche Nachrichten hinterlassen hat. Eleanor flieht aus dem Haus. Zwei der größten Tyrannen der Schule, Tina und Steve, helfen ihr, obwohl sie noch nie nett zu ihr waren, weil sie sehen können, dass Richie das pure Böse ist. Eleanor wird klar, dass die einzige Person, bei der sie vielleicht leben kann, ihr Onkel in Minnesota ist, und Park bietet ihr sofort an, sie dorthin zu fahren. Eleanor und Park haben eine sehr bittersüße Reise, denn sie wissen, dass es das letzte Mal sein könnte, dass sie sich für eine lange Zeit sehen. Nachdem sie sich getrennt haben, versucht Park, Eleanor Briefe und Pakete zu schicken, aber sie ist zu aufgeregt, um sie überhaupt zu öffnen, und antwortet nicht. Schließlich bricht Park mit gebrochenem Herzen die Kommunikation ab und versucht, nach vorne zu schauen. Ganz am Ende des Romans schreibt Eleanor Park schließlich eine Postkarte, die nur drei Worte enthält. Diese Worte werden dem Leser nicht offenbart.