San Diego PadresEdit
Lee wurde in der ersten Runde (insgesamt 14.) des MLB-Drafts 1993 von den San Diego Padres gedraftet und debütierte am 28. April 1997 in der MLB.
Florida MarlinsEdit
Lee wurde ein Jahr später zusammen mit anderen Talenten für Kevin Brown an die Florida Marlins verkauft und war Mitglied des Marlins-Meisterschaftsteams der World Series 2003. Lee gewann in der Meisterschaftssaison 2003 seinen ersten Gold Glove, als er einen hart geschlagenen One-Hop-Line-Drive von Hideki Matsui spektakulär abfing und ohne Hilfe aus dem Spiel nahm, um eine Rallye der Yankees zu stoppen und Spiel 5 der World Series mit einem Sieg der Marlins zu beenden. Die Marlins gewannen die World Series in Spiel 6.
Chicago CubsEdit
Lee wurde für Hee-seop Choi zu den Cubs gehandelt. In seinem ersten Jahr bei den Cubs schlug er .278 mit 32 Homeruns und 98 RBIs. Im Jahr 2005 erlebte Lee mit einem in der MLB führenden Schlagdurchschnitt von .376, 72 RBIs und einem Unentschieden bei der Anzahl der Homeruns (27) die erste Saisonhälfte seiner Karriere.
Die Cubs hatten Superstar Sammy Sosa, der zuvor einer ihrer besten Schlagmänner gewesen war, vor der Saison 2005 gehandelt. Lee zeigte schon früh, dass er den Verlust mehr als kompensieren konnte, und während Sosa eine enttäuschende Saison 2005 bei den Baltimore Orioles erlebte, hatte Lee ein Karrierejahr. Zur Saisonmitte gehörte er in jeder der Triple-Crown-Kategorien der MLB zur Spitze: Schlagdurchschnitt, Homeruns und RBIs. Lee schlug am 28. August 2005 seinen 200. Homerun in seiner Karriere gegen den Starter Josh Beckett von den Florida Marlins. Er beendete das Jahr mit einer Karriere-Bestmarke von 46 Homeruns. Sein Schlagdurchschnitt von .335 war der höchste eines Cub seit Bill Madlocks .339 im Jahr 1976 und machte ihn zum ersten Cub seit Bill Buckner im Jahr 1980, der den Titel eines National League Batting Titans gewann. Er wurde außerdem Dritter bei der NL MVP-Wahl und gewann in diesem Jahr den NL Gold Glove und den Silver Slugger Award als First Base-Spieler.
Lee wurde in den US-Kader für die World Baseball Classic 2006 berufen, wo er der erste Spieler war, der einen Homerun für das Team USA in der World Baseball Classic schlug.
Am 10. April 2006 unterzeichnete Lee eine Vertragsverlängerung mit den Chicago Cubs über fünf Jahre und 65 Millionen Dollar. Der Vertrag ersetzte seinen Vertrag für die Saison 2006 und verlängerte ihn als First Baseman der Cubs bis zur Saison 2010 und enthielt eine No-Trade-Klausel. Weniger als zwei Wochen später brach er sich bei einem Zusammenstoß mit dem Baserunner Rafael Furcal das Handgelenk und verpasste aufgrund der Verletzung 59 Spiele. Die Cubs erzielten eine Bilanz von 19:40, als Lee auf der Verletztenliste stand. Später kehrte Lee mit einer posttraumatischen Entzündung des äußeren Knochens auf der medialen Seite des Handgelenks auf die Invalidenliste zurück.
Im Jahr 2008 schlug Lee 20 Homeruns, 90 RBIs und hatte einen .291, als die Cubs in der regulären Saison die beste Bilanz in der National League erzielten und die Cubs zur NL Central-Meisterschaft führten, die sie später in der NLDS mit 0:3 gegen die Los Angeles Dodgers verloren. Im Jahr 2009 überwand Lee einen langsamen Start mit einer Schlagserie von 21 Spielen vom 29. Mai bis zum 24. Juni und belegte bei der Wahl zum NL MVP den neunten Platz, da er einen Schlagdurchschnitt von .306 hatte und 35 Homeruns und 111 RBIs erzielte.
Am 9. Juni 2010 schlug Lee in einem Spiel gegen die Milwaukee Brewers seinen 300sten Homerun seiner Karriere.
Am 25. Juni 2010 war Lee in eine Auseinandersetzung mit dem Cubs-Pitcher Carlos Zambrano verwickelt, nachdem der Pitcher im ersten Inning vier Runs zugelassen hatte und Lee offenbar die Schuld dafür gab, dass er einen scharf geschlagenen Lead-Off-Double nicht fangen konnte. Zambrano wurde für sein Verhalten suspendiert.
Atlanta BravesEdit
Ende Juli 2010 nutzte Lee seine Zehner- und Fünferrechte, um sein Veto gegen einen Trade zu den Los Angeles Angels einzulegen. Am 18. August 2010 wurde Lee mit seiner Zustimmung für die Minor League Pitching Prospects Robinson Lopez, Tyrelle Harris und Jeffrey Lorick zu den Atlanta Braves gehandelt. Lee begann am 20. August 2010 als erster Baseman der Braves zu spielen, auch in der Postseason im NLDS.
Baltimore OriolesEdit
Lee wurde von der Free Agency zu einem Einjahresvertrag mit den Baltimore Orioles für die Saison 2011 verpflichtet. Er spielte in 85 Spielen mit den kämpfenden Orioles, schlug .246 mit 12 Homeruns und 41 Runs.
Pittsburgh PiratesEdit
Am 30. Juli 2011 wurde Lee für den Minor League Class A First Baseman Aaron Baker und Bargeld an die Pirates gehandelt. In seinem ersten Spiel für die Pirates schlug Lee zwei Homeruns. Am 3. August wurde er von einem Pitch getroffen und brach sich einen Knochen im linken Handgelenk. Er verpasste den größten Teil des nächsten Monats, beendete dann aber die Saison produktiv als erster Baseman der Pittsburgh Pirates. In 28 Spielen für die Pirates im Jahr 2011 schlug Lee .337 mit 7 Homeruns und 18 RBIs.