Es gibt derzeit vier erhaltene Abschriften der Geheimen Offenbarung des Johannes. Sie sind in ihrer Grundstruktur und ihrem Inhalt weitgehend identisch. Ein bemerkenswerter Unterschied zwischen den Codices ist ihre individuelle Länge. Der Berliner Codex und der Nag Hammadi Codex III sind kürzer als die Nag Hammadi Codices I und II. Ein weiterer Unterschied zwischen den Kodizes besteht in der Darstellung der Figur des Erlösers/Christus. Der Berliner Codex verwendet im Allgemeinen häufiger den Begriff „Christus“, während in der Erzählung des Nag Hammadi Codex III häufig der Begriff „Herr“ oder „Erlöser“ verwendet wird. Allerdings schließt der Nag Hammadi Codex III seinen Text mit dem Gebet „Jesus Christus, Amen“ ab. Ein weiterer Unterschied in Bezug auf die christliche Gestaltung der Texte besteht darin, dass der Nag Hammadi Codex III ausführlicher auf den Abstieg der Christus-/Retterfigur in die Gefängniswelt des Demiurgen und seine Rolle bei der Ermöglichung des Wiedererwachens und der Befreiung der Menschheit eingeht. Diese Unterscheidungen können ein gewisses Maß an Variation in der Art und Weise darstellen, wie die gnostische Kosmologie in einen christlichen Kontext eingeflochten wurde.
Die folgende Zusammenfassung der Apokryphe ist der Übersetzung von Wisse entnommen.
Der Text beginnt damit, dass Johannes seinen eigenen Zustand der Trauer und Verwirrung nach der Kreuzigung Christi beschreibt. Dann erscheint der Erlöser, nimmt verschiedene Gestalten an und liefert, nachdem er die Ängste des Johannes gebannt hat, die folgende kosmologische Erzählung.
Das höchste göttliche Prinzip ist die Monade. Die Monade wird als eine „Monarchie, über der es nichts gibt“ beschrieben. Sie ist erhaben, absolut, ewig, unendlich, vollkommen, heilig und selbstgenügsam. Es wird jedoch auch seine transzendente Unbeschreiblichkeit betont. Er ist weder quantifizierbar noch können seine Eigenschaften jemals wirklich beschrieben werden. Die Monade existiert in unvorstellbarer Vollkommenheit.
Die Monade bringt aus ihrem Gedanken eine weibliche göttliche Wesenheit oder ein Prinzip namens Barbelo hervor. Sie wird als „der erste Gedanke“ und das „Bild“ der Monade beschrieben. Während Barbelo immer als „sie“ bezeichnet wird, wird sie auch als Urmutter und Urvater beschrieben. Sie wird auch als „der erste Mensch“ betrachtet und mit verschiedenen Begriffen der Androgynität beschrieben. Sie ist die erste einer Klasse von Wesen, die als Äonen bezeichnet werden, und ein Austausch zwischen ihr und der Monade bringt die anderen Äonen ins Leben. Darüber hinaus entstehen die Eigenschaften Licht und Geist durch die Reflexion der Monade auf Barbelo. Das Licht ist gleichbedeutend mit Christus, der auch „Christus der Autogene“ genannt wird. Das Licht und der Geist entfalten weitere schöpferische Aktivitäten, unterstützt und verherrlicht durch die höheren Prinzipien von Barbelo und der Monade. Gemeinsam bringen sie weitere Äonen und Kräfte hervor.
Schließlich stört eines der Äonen, Sophia „von der Epinoia“, die Harmonie dieser Prozesse, indem es ohne die Beteiligung oder Zustimmung des Geistes der Monade und ohne die Hilfe eines männlichen Gefährten schöpferisch tätig wird. Die schöpferische Kraft ihrer Gedanken bringt ein Wesen namens Yaltabaoth hervor, das das erste einer Reihe von unvollständigen, dämonischen Wesen ist, die Archon genannt werden. Yaltabaoth, dessen Charakter bösartig und arrogant ist, hat auch eine groteske Gestalt. Sein Kopf ist der eines Löwen, während er einen schlangenartigen Körper besitzt. Sophia erkennt die deformierte, unvollkommene Natur ihres Sprösslings und versucht, ihn an einem Ort zu verstecken, an dem die anderen Äonen ihn nicht entdecken können. Der Akt des Versteckens von Yaltabaoth hat auch zur Folge, dass Yaltabaoth selbst die Oberwelt und die anderen Äonen nicht kennt.
Trotz der Tatsache, dass Yaltabaoth nur ein einziges Elternteil besitzt und ohne die Zustimmung des Geistes der Monade erschaffen wurde, ist er mächtig genug, um die schöpferischen Prozesse der höheren Äonen nachzuahmen. Er erschafft eine ganze Reihe anderer Archonten, die alle den gleichen, grundsätzlich mangelhaften Charakter haben, und erschafft eine Welt, die sie bewohnen sollen. Diese Welt ist von Grund auf minderwertiger als die Welt darüber. Sie wurde aus der Dunkelheit erschaffen, aber mit dem von Sophia gestohlenen Licht belebt. Das Ergebnis ist eine Welt, die weder „hell noch dunkel“ ist, sondern stattdessen „düster“. In seiner Arroganz und Unwissenheit erklärt sich Yaltabaoth zum alleinigen und eifersüchtigen Gott dieses Reiches.
Sophia erkennt die Unvollkommenheit Yaltabaoths und seiner gefälschten Welt und tut Buße. In Vergebung ihres Fehlers hilft der Geist der Monade den anderen Äonen und Mächten bei dem Versuch, Sophia und ihre Bastardschöpfung zu erlösen. Während dieses Prozesses hören Yaltabaoth und seine Archonten die Stimme des Geistes der Monade. Die Stimme versetzt sie in Angst und Schrecken, doch ihr Echo hinterlässt eine Spur eines Abbilds des Geistes auf den „Wassern“, die das Dach ihres Reiches bilden. In der Hoffnung, diese Macht für sich zu nutzen, versuchen sie, eine Kopie dieses Bildes zu erschaffen. Das Endergebnis dieses Prozesses ist der erste Mensch, Adam.
Auf der Suche nach einer Möglichkeit, das in der Finsternis Yaltabaoths und seiner Welt gefangene Licht zurückzuholen, schmieden Sophia und die Vertreter der höheren Ordnung, die als „Plenoria“ oder „Epinoia“ und später als „Pleroma“ bezeichnet werden, einen Plan. Sie bringen Yaltabaoth dazu, seine eigene geistige Essenz in Adam zu blasen. Dadurch wird Adam belebt und Yaltabaoth gleichzeitig von dem Teil seines Wesens entleert, der von Sophia stammt.
Angesichts der Leuchtkraft, Intelligenz und allgemeinen Überlegenheit des nun belebten Adam bedauern Yaltabaoth und die Archonten ihre Schöpfung und tun ihr Bestes, um ihn einzusperren oder zu beseitigen. Da ihnen das nicht gelingt, versuchen sie, ihn zu neutralisieren, indem sie ihn in den Garten Eden bringen. In dieser Erzählung ist der Garten Eden ein falsches Paradies, in dem die Früchte der Bäume Sünde, Lust, Unwissenheit, Gefangenschaft und Tod sind. Während sie Adam Zugang zum Baum des Lebens gewähren, verbergen sie den Baum der Erkenntnis von Gut und Böse. Nach dieser Erzählung stellt der Baum der Erkenntnis in Wirklichkeit das Eindringen der positiven Kräfte der höheren Welt und der Epinoia in das Reich Jaltabaoths dar.
An dieser Stelle der Erzählung offenbart Christus dem Johannes, dass er es war, der Adam veranlasste, die Frucht des Baumes der Erkenntnis zu verzehren. Außerdem wird enthüllt, dass Eva eine Helferin ist, die von Vertretern der höheren Ordnung gesandt wurde, um das in Jaltabaoths Schöpfung und in Adam gefangene Licht zu befreien. Sie wird erschaffen, als Yaltabaoth versucht, das Licht aus Adam zu ziehen. Das Ergebnis ist die Erschaffung des weiblichen Körpers. Als Adam sie wahrnimmt, sieht er ein Spiegelbild seines eigenen Wesens und wird von der betörenden Macht Yaltabaoths befreit.
Die Erzählung beschreibt dann Yaltabaoths Versuche, die Kontrolle über das Wesen des Lichts wiederzuerlangen. Sein wichtigster Plan ist es, die menschliche Fortpflanzung in Gang zu setzen, wodurch er hofft, neue menschliche Körper zu schaffen, die von einem falschen Geist bewohnt werden. Dieser gefälschte Geist ermöglicht es Yaltabaoth und seinen Agenten, die Menschen zu täuschen und sie in Unkenntnis ihrer wahren Natur zu halten, und er ist das Hauptmittel, mit dem Yaltabaoth die Menschheit in Unterwerfung hält. Sie ist die Quelle allen irdischen Übels und aller Verwirrung und führt dazu, dass die Menschen sterben, „ohne die Wahrheit gefunden zu haben und ohne den Gott der Wahrheit zu kennen“.
Nach dieser Offenbarung nimmt die Erzählung die Form einer Reihe von Fragen und Antworten zwischen Johannes und dem Erlöser an. Diese sprechen eine Reihe von Themen an, sind aber weitgehend soteriologischer Natur. Johannes fragt Christus, wer für das Heil in Frage kommt, und Christus antwortet, dass diejenigen, die mit dem wahren Geist in Berührung kommen, das Heil empfangen werden, während diejenigen, die von dem falschen Geist beherrscht werden, die Verdammnis empfangen. In diesem Zusammenhang offenbart Christus auch seine eigene Rolle als befreiender Vertreter der höheren Sphäre. Christus, der sich selbst als „Gedächtnis der Pronoia“ und „Gedächtnis des Pleroma“ bezeichnet, bringt Licht in die Finsternis von Jaltabaoths Gefängnis. Hier weckt er die Gefangenen zu Wachsamkeit und Gedenken. Diejenigen, die die Offenbarung Christi empfangen und von ihr aufgeweckt werden, werden aufgerichtet und „im Licht des Wassers mit fünf Siegeln versiegelt“. So werden sie von Tod und Verdammnis verschont. Dieser Aspekt der Rolle Christi wird im Nag Hammadi Codex III ausführlicher behandelt, während er im Berliner Codex fehlt.
Damit ist die Botschaft Christi abgeschlossen. Schließlich erklärt der Erlöser, dass jeder, der diese Offenbarungen zum persönlichen Vorteil weitergibt, verflucht sein wird. Die Version des Textes im Nag Hammadi Codex III endet mit dem Gebet „Jesus Christus, Amen“.