Wegen der hohen Anfälligkeit für Infektionen sind Antibiotika die am häufigsten verwendeten Medikamente bei Neugeborenen. Das Ergebnis des Antibiotikaeinsatzes kann jedoch stark von der besonderen Physiologie des Neugeborenen beeinflusst werden, die durch den schwierigen Anpassungsprozess vom intra- zum extrauterinen Leben gekennzeichnet ist. Weitere wichtige Faktoren, die sich auf die Antibiotikatherapie auswirken können, sind das Schwangerschaftsalter, das Geburtsgewicht, die intrauterine Wachstumsrestriktion, das chronologische Alter und insbesondere die Unreife der Nieren- und Leberfunktion. Dosierung, Zeitpunkt und Art der Verabreichung müssen daher die neonatale Variabilität von Bioverfügbarkeit, Verteilung, Metabolismus, Biotransformation und Ausscheidung sorgfältig berücksichtigen. Die Feinabstimmung der Dosierung und der Therapiedauer sollte auf der Grundlage pharmakokinetischer und pharmakodynamischer Parameter erfolgen. Trotz signifikanter Unterschiede in der Ätiologie der Sepsis ist die beste empirische Initialtherapie bei Verdacht auf eine systemische Infektion nach wie vor die Kombination von Ampicillin und Gentamicin. Andere sehr wirksame und nützliche Antibiotika wie Cephalosporine, Carbanepeme oder Glykopeptide sollten bei Säuglingen mit Bedacht verabreicht werden, wobei die Empfehlungen für eine eingeschränkte Anwendung zu beachten sind, um eine maximale Wirksamkeit und minimale Toxizität zu erzielen. Schließlich sind Makrolid-Antibiotika aufgrund ihrer besonderen Eigenschaften in letzter Zeit für andere Indikationen als die antibakterielle Wirkung vorgeschlagen worden. Der Einsatz von oralem Erythromycin zur Behandlung der gastrointestinalen Dysmotilität bei Frühgeborenen konnte die Inzidenz der mit der parenteralen Ernährung verbundenen Cholestase um fast 50 % senken, während Azithromycin aufgrund seiner kombinierten antibiotischen und entzündungshemmenden Wirkung in einer Pilotstudie bei extrem schwachgewichtigen Säuglingen erfolgreich zur Vorbeugung der bronchopulmonalen Dysplasie eingesetzt wurde.